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[其他] 求助各位大神protein—protein对接

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发表于 2016-5-16 21:43:14 | 显示全部楼层 |阅读模式

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这可能是一个愚蠢的问题,请各位不吝赐教!
类似最近很牛的剪接体结构已知,现在我把其中的一个蛋白结构稍微变一下,看看有没有影响剪接复合体的结构,这种对接怎么做?还有就是像这种已经有结构的复合体,去做对接的时候软件会不会像预测蛋白结构一样先找到最适的model,然后根据这个model去对接吗?
发表于 2016-5-24 15:47:57 | 显示全部楼层
这个就不是对接能解决的问题了,建议可以考虑分子动力学来进行研究。
发表于 2016-5-25 10:22:51 | 显示全部楼层
嗯,坛主建议对的。
这个对接是做不了的。
如果你蛋白变化不大,只是简单的几个残基有不同的话,直接把晶体中这个蛋白的特定残基突变成你需要的,然后跑分子动力学就行。如果蛋白变化较大,那得先做对接,再做动力学了。
 楼主| 发表于 2016-6-14 15:40:37 | 显示全部楼层
怎么把蛋白的特定残基突变呢?可以用MD跑吗
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