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大工-阿里巴巴 发表于 2012-12-4 13:30 登录/注册后可看大图 这种跳跃一般是蛋白质部分跑到盒子外面造成的吧~namd不知道怎么去掉周期性边界~看看别人有知道的不~哈哈 ...
大工-阿里巴巴 发表于 2012-12-4 22:16 登录/注册后可看大图 是的~这就是设置周期性编辑的的用途,只是VMD本身自带的RMSD计算plugin不能识别出这种跨越周期性边界时RMSD ...
tobeant 发表于 2012-12-24 13:43 登录/注册后可看大图 计算RMSD之前,将轨迹unwrap就不会出现跑出盒子的问题了
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