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[提问] rmsd跳跃问题

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发表于 2012-12-3 21:58:08 | 显示全部楼层 |阅读模式

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用namd gpu跑动力学,平衡过后,看rmsd值的变化借此判断平衡,却发现出现如下状况。是在600ps出现的。
非常有趣。
整体能量趋于平衡,但是出现了rmsd跳跃。
看到网上其他人说是限制的问题,我没有作限制。和大家讨论下,假如我继续跑平衡,估计蛋白会重新回到盒子中。这个对动力学有影响吗?


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发表于 2012-12-4 13:30:00 | 显示全部楼层
这种跳跃一般是蛋白质部分跑到盒子外面造成的吧~namd不知道怎么去掉周期性边界~看看别人有知道的不~哈哈
 楼主| 发表于 2012-12-4 20:57:42 | 显示全部楼层
本帖最后由 cuiyoutian 于 2012-12-4 21:12 编辑

根据图可以看出,它跑出一个盒子,但是他应该进入另一个盒子(根据周期性边界),实际上蛋白并没有分离,不知道为什么。
发表于 2012-12-4 22:16:17 | 显示全部楼层
是的~这就是设置周期性编辑的的用途,只是VMD本身自带的RMSD计算plugin不能识别出这种跨越周期性边界时RMSD的变化~不是轨迹本身的问题~
 楼主| 发表于 2012-12-4 22:31:58 | 显示全部楼层
大工-阿里巴巴 发表于 2012-12-4 22:16
是的~这就是设置周期性编辑的的用途,只是VMD本身自带的RMSD计算plugin不能识别出这种跨越周期性边界时RMSD ...

哈哈,看来我要自己手动调rmsd值了。
 楼主| 发表于 2012-12-7 21:25:41 | 显示全部楼层
大工-阿里巴巴 发表于 2012-12-4 22:16
是的~这就是设置周期性编辑的的用途,只是VMD本身自带的RMSD计算plugin不能识别出这种跨越周期性边界时RMSD ...

经过验证,发现平衡的时候有限制,因为在盒子里就不会出现这种状态,不知道跑完整动力学的时候怎么办。
发表于 2012-12-24 13:43:59 | 显示全部楼层
计算RMSD之前,将轨迹unwrap就不会出现跑出盒子的问题了
 楼主| 发表于 2012-12-26 20:35:55 | 显示全部楼层
tobeant 发表于 2012-12-24 13:43
计算RMSD之前,将轨迹unwrap就不会出现跑出盒子的问题了

http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/pbctools/#fn1x0
是这个插件吗?
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