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楼主是linux和gromacs双料小白,很不幸要摸索如何在服务器上以普通用户安装gmx-5.1(同时服务器/usr/local/gromacs 已经存在一个4.6版本的GMX)
我在自己的home目录下下载并解压了gmx-5.1
tar xfz gromacs-5.1.2.tar.gz cd gromacs-5.1.2 mkdir build
cd build cmake .. -DCAME_INSTALL_PREFIX=/home/user/xncao/sy/gromacs/gromacs-5.1.2 -DGMX_MPI=ON -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON make -j make install 一直到make -j都没有什么问题,如下: [xncao@login_node build]$ make -j [ 1%] Built target fftwBuild [ 1%] Built target view_objlib [ 1%] Built target mdrun_objlib [ 98%] Built target libgromacs [100%] [100%] Built target gmx Built target template [xncao@login_node build]$
但是make install以后就有如下报错:
[xncao@login_node build]$ make install
[ 1%] Built target fftwBuild
[ 98%] Built target libgromacs
[100%] Built target template
[100%] Built target mdrun_objlib
[100%] Built target view_objlib
[100%] Built target gmx
Install the project...
-- Install configuration: "Release"
-- Installing: /usr/local/gromacs/share/gromacs/COPYING
CMake Error at cmake_install.cmake:36 (FILE):
file INSTALL cannot copy file
"/home/user/xncao/sy/gromacs/gromacs-5.1.2/COPYING" to
"/usr/local/gromacs/share/gromacs/COPYING".
make: *** [install] Error 1
我试图删除或者手动替换/usr/local/gromacs/share/gromacs目录中的COPYING,但是并没有权限。。。
求问大家:1.我已经使用 -DCAME_INSTALL_PREFIX=/home/user/xncao/sy/gromacs/gromacs-5.1.2 试图修改安装位置了,为什么还是在/usr/local/gromacs/share/gromacs/中安装呢?
2.我应该如何做才能把gmx-5.1.2安装在我home目录下?(或者其他目录下,只要不与4.6冲突,能使用就行)
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