使用pdb2gmx生成topology文件时遇到的问题

tjpugu · 发表于 2016-5-3 18:14:10

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Program pdb2gmx_mpi_4.5.5, VERSION 4.5.5
Source code file: resall.c, line: 581

Fatal error:
Residue 'DRG' not found in residue topology database
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
输入项是一个小分子的pdb文件，没有残基，可是老是提示残基找不到，无法生成topology，请问是什么原因，需要修改什么？

云枫-时雨 · 发表于 2016-5-4 09:24:31

这是官网给的答案。 http://www.gromacs.org/Documentation/Errors#Residue_'XXX'_not_found_in_residue_topology_database

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[Gromacs] 使用pdb2gmx生成topology文件时遇到的问题

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