单个氨基酸突变造成酶活力提高，怎样从结构上分析原因啊

qhzw2012 · 发表于 2016-4-27 12:14:54

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大家好，我最近做了易错PCR，随机突变了我的酶，筛出一个酶活提高的突变体，只是单个氨基酸突变了，该蛋白在pdb数据库比对有发现有99%相似的蛋白序列（已经获得晶体结构），基于现有条件，我可以从哪方面着手去分析结构变化对酶活提高的影响呢，求大神指点迷津啊

qhzw2012 · 发表于 2016-4-27 18:30:01

自己顶一下

qhzw2012 · 发表于 2016-4-27 18:31:36

就是想问一下各位大神具体思路怎么走，需要哪些软件，求大神带路啊！

川大-灰太狼 · 发表于 2016-4-29 09:39:34

可以用一些软件去做单个氨基酸的突变（pymol，yasara，vmd，chimera选其一），然后进行分子动力学研究（amber，yasara，gromacs，NAMD），看看突变后的蛋白对于催化位点的底物的影响。

qhzw2012 · 发表于 2016-4-29 13:40:15

viger87 发表于 2016-4-28 09:10
1.同源模建得到酶结构，对比突变前后酶结构，分析其活性位点结构变化对活性的影响；
2.分子对接底物到突变 ...

非常感谢您！

qhzw2012 · 发表于 2016-4-29 13:40:55

川大-灰太狼发表于 2016-4-29 09:39
可以用一些软件去做单个氨基酸的突变（pymol，yasara，vmd，chimera选其一），然后进行分子动力学研究（amb ...

也非常感谢您的帮助！

qhzw2012 · 发表于 2016-5-3 10:09:09

川大-灰太狼发表于 2016-4-29 09:39
可以用一些软件去做单个氨基酸的突变（pymol，yasara，vmd，chimera选其一），然后进行分子动力学研究（amb ...

您好，斑竹，想向您请教一下，用pymol做氨基酸突变后怎样保存成pdb格式呀，还有easymodeller建了个半成品的模，关掉软件后，第二天怎样才能用easymodeller打开已经建好的半成品继续优化建模！恳请您的帮助，谢谢！

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