Autodock和Gromacs配合使用遇到的问题

tjpugu · 发表于 2016-4-25 15:14:59

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我想将autodock得到的最优构象导入gromacs再评价其稳定性，但现在发现autodock结果文件中的分子结构是去掉极化氢之后的PDBQT格式，导入gromacs里发现.top和.gro中原子个数不一致，所以无法继续进行计算，请各位前辈帮忙看看这该怎么处理？

川大-灰太狼 · 发表于 2016-4-26 20:31:48

最好保存为pdb格式后，然后用PRODRG进行准备。

tjpugu · 发表于 2016-4-26 22:04:17

川大-灰太狼发表于 2016-4-26 20:31
最好保存为pdb格式后，然后用PRODRG进行准备。

您好，谢谢回复。我在做autodock最后是得到一个综合很多构象的dlg文件，把最优构象拷出来作为一个文本文件，本来的初始PDB有23个原子，现在只剩15个原子，但是把这两个文件分别输入PRODRG后都产生了只剩了20个原子的topology，但在GROMACS里运行出的gro文件里就又成了15个原子，top和gro的原子数不一致就没办法进行了，请问您知道这是什么原因吗？

wangpengfei · 发表于 2016-6-26 16:12:54

tjpugu 发表于 2016-4-26 22:04
您好，谢谢回复。我在做autodock最后是得到一个综合很多构象的dlg文件，把最优构象拷出来作为一个文本文 ...

部分氢处理的时候不显示可手动调整一致

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