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[Gromacs] 关于Gromacs模拟蛋白配体复合物的问题

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发表于 2016-4-21 16:23:58 | 显示全部楼层 |阅读模式

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大家好,最近遇到一个问题困扰了我很久,希望大家能帮帮忙
     我打算用4RVK这个结构做动力学模拟,步骤如下:
1.抽取出配体3XK,然后使用chimera删除掉水和3XK 配体。
2.生成蛋白的拓扑文件,用 pdb2gmx命令, 力场选择的是 GROMOS43a1.总电荷是-4.000
3.利用PRODRG网站生成配体的拓扑文件。并按照教程生成complex.gro 文件。
4.有一个问题就是,这个网站生成的配体电荷不正确,请问我该怎么该?
5.然后运行命令:editconf,solvate.
6.这里需要一个mdp的参数文件。我采用的是教程上面的,没有进行修改。
7.然后genion 这个命令,因为是-4。000个电荷,所以这一步添加4个正电荷参数为:-pname -np 4
8.然后跟在教程一直走都没有问题,知道这一步:
9.gmx_mpi -deffnm nvt
错误信息为:Wtaer molecule starting at atom 3537 can not be settled.......
就这个问题,请大家帮帮忙
谢谢你们!

发表于 2016-4-21 16:49:50 | 显示全部楼层

回帖奖励 +1 金币

Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate. 检查是否有不合理的接触,或者减少步长来解决这个问题。
发表于 2016-6-26 16:15:13 | 显示全部楼层
限制那里改为DFLEXIBLE
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