gromacs tutorial时遇到的问题

tjpugu · 发表于 2016-4-7 19:18:43

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number of coordinates in coordinate file (1aki_solv.gro, 34456)
does not match topology (topol.top, 1960)
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
大致的意思就是.gro和.top的数量不一致，但我应该改哪个，怎么修改呢？请各位前辈指教

ljy3278 · 发表于 2016-4-13 07:46:34

问题产生的原因是你加过溶剂后新生成的GRO坐标文件中的原子数，与你所指定的TOP文件中的原子数不符，也就是MISMATCH，所以报错。
你只要指定正确的TOP文件就可以解决问题了

tjpugu · 发表于 2016-4-26 09:50:21

ljy3278 发表于 2016-4-13 07:46
问题产生的原因是你加过溶剂后新生成的GRO坐标文件中的原子数，与你所指定的TOP文件中的原子数不符，也就是 ...

谢谢，现在已经可以继续进行了

tjpugu · 发表于 2016-4-26 09:50:53

ljy3278 发表于 2016-4-13 07:46
问题产生的原因是你加过溶剂后新生成的GRO坐标文件中的原子数，与你所指定的TOP文件中的原子数不符，也就是 ...

谢谢，现在已经可以继续进行了

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