gromacs氢键分析问题请教

沈淼淼 · 发表于 2016-4-6 17:32:12

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在下小菜鸟一枚，最近遇到如下问题，望各位大神不吝指教：
我的蛋白比较大，并且共有24个亚基（chain a,chain b,chain c,...chain x），如附件图片所示意。一段时间的MD后，进行氢键分析。请问能否指定某个区域进行氢键分析？或者能否指定计算例如chain a与chain b之间的氢键？
跪求大神指导~

ljy3278 · 发表于 2016-4-13 07:49:50

这个很简单就可以实现，用make_ndx来定义chain A和chain B，这样会生成一个XXX.ndx文件
然后在分析氢键的时候加入-n XXX.ndx，分别选择chain A和chain B，就可以分析它们之间的分子间氢键了

沈淼淼 · 发表于 2016-4-17 22:38:30

ljy3278 发表于 2016-4-13 07:49
这个很简单就可以实现，用make_ndx来定义chain A和chain B，这样会生成一个XXX.ndx文件
然后在分析氢键的时 ...

哇！！！！大神啊！！！！
多谢指导！！
小弟门外汉一枚。。想再请教您一个问题。。。依然是这个蛋白，我希望如文献的图中这样计算选定好的半径随时间变化的图，不知道这是用什么样的软件或者计算工具做到的？
谢谢您！

时光过客 · 发表于 2016-7-25 12:16:55

设置分组，把你想分析的部分设置到两个组里，再执行氢键分析命令，选择新建立的两个组就好了

时光过客 · 发表于 2016-7-25 12:20:06

时光过客发表于 2016-7-25 12:16
设置分组，把你想分析的部分设置到两个组里，再执行氢键分析命令，选择新建立的两个组就好了 ...

由于网速原因，没看到问题已经解决了

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