pdb2gmx选择了力场后，并没有输出三个文件

tjpugu · 发表于 2016-3-31 21:28:18

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本人刚接触gromacs不久，正在照着gromacs tutourial上的例子做，做第一个例子就遇到很多问题，在pdb2gmx之后，选择了力场14，按理说应该产生三个文件分别是1AKI_processed.gro, topol.top, and posre.itp，第一次做的时候出来了.top和.itp，第二次做一个也没有出来，报错上写的是“file input/output error:1aki.pdb。请问一下各位前辈，这到底是哪里出了问题呢？

tjpugu · 发表于 2016-4-3 11:27:36

Program pdb2gmx_mpi_4.5.5, VERSION 4.5.5
Source code file: futil.c, line: 491

File input/output error:
1AKI.pdb
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors

tjpugu · 发表于 2016-4-3 11:28:11

tjpugu 发表于 2016-4-3 11:27
Program pdb2gmx_mpi_4.5.5, VERSION 4.5.5
Source code file: futil.c, line: 491

就是出现了这样一些代码

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[Gromacs] pdb2gmx选择了力场后，并没有输出三个文件

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