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[NAMD] namd问题

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发表于 2016-3-30 20:27:28 | 显示全部楼层 |阅读模式

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蛋白质溶剂化在水盒子后出现这样的图,前提是我的模型建成后感觉可靠性挺好的就没有优化。求大神指点:这样的溶剂化后的水盒子是否正确?模型建立后再进行MD前是否必须进行优化? QQ截图20160330103114.png
发表于 2016-3-31 14:12:42 | 显示全部楼层
这么凌乱的图?是不是你键的信息错误了 不知道你检查没?
发表于 2016-3-31 14:13:19 | 显示全部楼层
生成pdb psf文件后 加水盒子前 你用VMD读入过pdb文件与psf文件吗
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