namd问题

小鹏哥 · 发表于 2016-3-30 20:27:28

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蛋白质溶剂化在水盒子后出现这样的图，前提是我的模型建成后感觉可靠性挺好的就没有优化。求大神指点：这样的溶剂化后的水盒子是否正确？模型建立后再进行MD前是否必须进行优化？ QQ截图20160330103114.png

史小史 · 发表于 2016-3-31 14:12:42

这么凌乱的图？是不是你键的信息错误了不知道你检查没？

史小史 · 发表于 2016-3-31 14:13:19

生成pdb psf文件后加水盒子前你用VMD读入过pdb文件与psf文件吗

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