关于NAMD这个东东

史小史

学习这个软件快两年了，依旧觉得学的不够，知道的东西还是凤毛麟角。
眼看要毕业了，总结点经验给后来者吧，可能说的不是很对大家别全信，

调用NAMD软件之前必须准备四个文件：（1）体系.pdb文件，该文件负责存储体系中所有原子的坐标；（2）体系.psf文件，该文件负责存储体系的结构信息，包括键长、键角、二面角及原子电荷、L-J参数等信息；（3）力场参数文件，力场参数文件是分子动力学模拟的核心，力场中的数学方程决定了原子在力场中的受力如何计算；（4）准备配置.conf文件（configuration file）,告知NAMD软件作MD模拟的各种参数如.pdb文件和.psf文件、体系的温度、压力的控制方法、系综、边界条件的设置、模拟结果存储的文档等等。这个都是说烂的东西，大家根据上面的一一准备就好

说几个问题吧：1、你的结构中出现缺少键的信息，去看top文件中是否遗漏 2、力场参数问题，我做的体系是用网页生成器得到的参数文件，如paramchem，Swissparam，我知道就这俩可能还有别的我不知道的，只能得到小分的参数文件，分子大的同学请绕行。这些网页上得到的是可以发文章的，之前我查过文献中有引用这个的。3、上次跟老师讨论才发现现在大家貌似跑平衡的时候选择升温过程不是一步升温而是先升到50C再续跑到100C再续跑直到达到你想要的温度，这点挺好。而且跑平衡的时候对原子的固定也是有讲究的，比如先让水盒子达到平衡，再放开你的物质使整个体系平衡，我之前也想这样但是觉得麻烦，归结于我太懒。4、跑MD过程中如果老是报错，你大概要考虑一下你的初始结构是不是太不好？


除了上述这些，重点来了，关于自由能计算问题，这个问题老难了弄到现在我还是云里雾里的其实。
我用的是自适应偏置力方法算的自由能就是ABF，当然还有FEP与SMD，都差不多。
这个ABF的设置也是个大问题，之前NAMD2.6版本没有colvars，2.7以后加了这个集体变量，关于设置在官网上有教程可以去下。有个问题很奇怪我一直也没弄明白，比如我是固定一个分子，拉动另一个分子，固定的分子位置为0，拉动的分子位置为-16，这样算结果不会出现两个物质嗖的一下聚在一起的结果。但是如果拉动原子的位置为0，固定原子的位置为16，从0移动到16，结果会出现两个物质嗖的一下聚在一起的结果。现在我还没搞明白是怎么回事，按说原理应该是一样的从-16到0, 0到16路径都是一样的，不知道哪位大神能给我解答一下
在结果分析中关于自由能分解的问题：我们得到pmf曲线，如何将这个曲线分解成静电与范德华，步骤如下
看文章像是用adaptive biasing force (ABF)算的PMF。我查了一下，ABF方法的作者Chipot以前在NAMD mailing list 里回复了该怎样对结果进行处理来分解PMF，具体在这里
http://www.ks.uiuc.edu/Research/ ... 2009-2010/1566.html
他说
(1) loop over your trajectory and calculate the pair interactions
      that you are interested in, e.g. solute 1 and solute 2.
(2) collect the forces at play, van der Waals and electrostatics.
(3) project these forces onto your reaction coordinate, which for
      each configuration, should be determined independently.
(4) average the projected forces.
翻译成中文大概就是
1. 读取轨迹文件，对于每一帧，计算粒子1和2之间相互作用力
2. 把1和2之间的相互作用力分解成vdw和静电两部分
3. 把计算的力投影到反应坐标上。这句话的实际意思是，你会把
反应坐标分成多个bin（比如在0到10之间，每隔0.1设一个bin），假如
你读取的这帧构型反应坐标为2.0， 就把vdw和静电力的数值放到2.0 这个bin里
4. 如此反复直到处理完这个轨迹，然后对每个bin里力的数值加和求平均，就得到
不同反应坐标值时的vdw和静电力
5. 再对这些vdw和静电力沿反应坐标积分，即得到两部分力对PMF的贡献。

我不清楚NAMD或者VMD里是否有现成的命令做这个，否则的话你得自己写个小程序来做这个。

之前一位小木虫的大神回复我的，我还在研究中

so~so~ 我能说的就这些，你会遇到各种各样的问题的，我只能说不要放弃，少年，等你解决了这个问题你会发现后面还有一堆问题！加油吧

史小史

小鹏哥 发表于 2016-3-30 09:55
你好，我用namd做MD时，只是出现这样的问题“Warning: Low global exclusion count!  (27963 vs 28119) War ...

这个问题 我也忘了后来我怎么处理的了 貌似我把结构换了一下 如果你的参数设置都是正确的还出现这样的问题 那你就要考虑你初始结构的.pdb文件是不是太不合理了 导致无法优化

小鹏哥

你好，我用namd做MD时，只是出现这样的问题“Warning: Low global exclusion count!  (27963 vs 28119) Warning: This warning is not unusual during minimization. Warning: Increasing pairlistdist or cutoff may avoid this. ”但是当我把pairlistdist和cutoff增加后又会提示这两个值太接近cellBasis!求大神指点

Gino

史小史 发表于 2016-3-30 10:08
这个问题 我也忘了后来我怎么处理的了 貌似我把结构换了一下 如果你的参数设置都是正确的还出现这样的问 ...

这个问题我也出现过好几次 ，最近的一次放着没处理 ，结果第二天来了就突然可以了，一脸懵逼

WLQ

NAMD这么多问题，又是开源软件，能否做点修改和汉化，使它更适合国人的习惯

史小史

WLQ 发表于 2016-3-30 09:15
NAMD这么多问题，又是开源软件，能否做点修改和汉化，使它更适合国人的习惯 ...

水平达不到的说

小鹏哥

史小史 发表于 2016-3-30 10:08
这个问题 我也忘了后来我怎么处理的了 貌似我把结构换了一下 如果你的参数设置都是正确的还出现这样的问 ...

初始结构是根据一个已知的pdb晶体结构建的，可靠性挺好的，

史小史

小鹏哥 发表于 2016-3-30 10:13
初始结构是根据一个已知的pdb晶体结构建的，可靠性挺好的，

那你建完之后优化这个结构了吗 又

小鹏哥

史小史 发表于 2016-3-30 11:56
那你建完之后优化这个结构了吗 又

优化没有啊，具体要怎么优化啊

小鹏哥

douwenhui

您好，我是刚刚接触这个软件，感觉一直是云里雾里，大脑空白，您能分享一下您的宝贵经验吗？