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分子动力学模拟软件求助

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发表于 2016-3-17 14:55:12 | 显示全部楼层 |阅读模式

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本人现在准备做部分分子动力学模拟相关的实验,查文献看到discovery studio可以完成这方面的操作。我想询问下discovery studio软件在分子动力学模拟结果的可靠性有多高?分子动力学模拟来讲,是否还有其他软件可以实现?他们的有缺点如何?期待大神的指导
 楼主| 发表于 2016-3-17 14:56:09 | 显示全部楼层
期待大神的到来
发表于 2016-3-17 16:33:56 | 显示全部楼层
你发错版面了,求助要发到其它的地方去。分子动力学模拟,现在主要有几大工具,CHARMM,Amber,GROMACS, NAMD, YASARA, MOE,DS,SYBYL等等。优缺点嘛,很难讲得清楚
 楼主| 发表于 2016-3-18 09:06:57 | 显示全部楼层
lrf1980 发表于 2016-3-17 16:33
你发错版面了,求助要发到其它的地方去。分子动力学模拟,现在主要有几大工具,CHARMM,Amber,GROMACS, N ...

谢谢你的回复,版主!我不是为求相关的软件,我只是想知道在楼主您给提供的这些软件中,那些软件的分子动力学模拟结果比较可靠?还有,作为这方面的新手,我非常希望有经验的大神(或者专家)能够发一个帖子具体介绍下这些软件的优缺点,以方便新手学习或者使用?大力支持分子模拟论坛
发表于 2016-3-18 15:07:17 | 显示全部楼层
工具都大同小异,只是使用性的差异。关键还是人。懂得分子动力学模拟的基本原理,局限,应用范围。然后在使用习惯上找一个适合自己的就好。
CHARMM的历史最长。理论上他们应该最熟悉动力学模拟,Martin还因此得了诺奖。但是这个软件的使用性相比其它就差很多。而对于新手,使用这个软件可能就会出各种问题,不是因为这个软件不好,只是还没有完全懂这个软件的设计逻辑。
建议找个身边有人熟悉动力学模拟的人,跟他学他使用的软件就好
 楼主| 发表于 2016-3-18 15:18:14 | 显示全部楼层
lrf1980 发表于 2016-3-18 15:07
工具都大同小异,只是使用性的差异。关键还是人。懂得分子动力学模拟的基本原理,局限,应用范围。然后在使 ...

非常感谢楼主的回复!
现在我这里就是没人做着方面的工作,所以我才来这里求助。我看现在有文章上提到gromacs、discovery studio、yasara还有amber等,在加上楼主提到的charmm和martin都可以实现分子动力学模拟。我想咨询下楼主,这几个软件中,那些操作起来比较简单,并且费用也比较低?方便我来选择学习,不胜感激哈
发表于 2016-3-21 12:31:29 | 显示全部楼层
me_creazy 发表于 2016-3-18 15:18
非常感谢楼主的回复!
现在我这里就是没人做着方面的工作,所以我才来这里求助。我看现在有文章上提到gro ...

Martin kaplus 是CHARMM的作者,不是软件。
从商业软件的角度讲,YASARA最易上手,而且便宜。
从学术软件,我个人觉得Amber是个不错的选择。
 楼主| 发表于 2016-3-25 11:38:25 | 显示全部楼层
lrf1980 发表于 2016-3-21 12:31
Martin kaplus 是CHARMM的作者,不是软件。
从商业软件的角度讲,YASARA最易上手,而且便宜。
从学术软件 ...

非常感谢楼主的回复,我想问下GROMACS怎么样?它有什么缺点吗?
发表于 2016-3-26 14:03:45 | 显示全部楼层
me_creazy 发表于 2016-3-25 11:38
非常感谢楼主的回复,我想问下GROMACS怎么样?它有什么缺点吗?

没用过,没法评价。
 楼主| 发表于 2016-3-28 20:58:16 | 显示全部楼层
lrf1980 发表于 2016-3-26 14:03
没用过,没法评价。

o,还是谢谢楼主
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