APBS计算MM/PBSA

jerrysky2011 · 发表于 2012-11-28 19:51:32

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请问有谁用过APBS吗？我想用APBS计算MM/PBSA，但是我没有用过这个软件，查了一下好像有一个在线的网站？麻烦各位有谁用过给予指导？或者有没有其他的软件可以计算MM/PBSA的，请推荐，谢谢！~！

wangqiang306 · 发表于 2012-11-29 08:59:52

amber上好像有，但是没用过

jerrysky2011 · 发表于 2012-11-29 15:14:39

嗯，amber是有，那个软件自带的，但是我用Gromacs跑的动力学，我想计算自由能，知道MM/PBSA和APBS可以计算，但是我不会！~

墨竹晓风 · 发表于 2012-12-14 09:46:50

jerrysky2011 发表于 2012-11-29 15:14

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嗯，amber是有，那个软件自带的，但是我用Gromacs跑的动力学，我想计算自由能，知道MM/PBSA和APBS可以计算 ...

MM/PBSA的计算目前gromacs没有公开的脚本，文献报道有1，2种课题组自己编写的代码算，貌似比较难要到

jerrysky2011 · 发表于 2012-12-14 10:03:19

嗯，好的。谢谢啦！~我也问了好多个作者，据我目前的了解，和你说的一样，实现这个太难了，所以我改换Amber了，但是这个我目前第一次接触，还有很多不懂。还请大家多多帮忙！~

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[AMBER] APBS计算MM/PBSA