amber中用MMPBSA计算结合自由能的困惑？

bigbang · 发表于 2016-1-16 19:31:14

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在AMBER中，计算结合自由能，我是先跑到显示溶剂的MD，现在有了轨迹文件，想计算结合自由能，教程上是如下步骤获得拓扑文件：
com = loadpdb ras-raf.pdb
ras = loadpdb ras.pdb
raf = loadpdb raf.pdb
set default PBRadii mbondi2
saveamberparm com ras-raf.prmtop ras-raf.inpcrd
saveamberparm ras ras.prmtop ras.inpcrd
saveamberparm raf raf.prmtop raf.inpcrd
charge com
> Total unperturbed charge: -0.000000
> Total perturbed charge: -0.000000
solvatebox com TIP3PBOX 12.0
saveamberparm com ras-raf_solvated.prmtop ras-raf_solvated.inpcrd
quit
但是我在跑MD时，制作拓扑文件没有加set default PBRadii mbondi2这一项啊，我现在想计算自由能，我直接按上述方法重新做了top文件，然后和我已跑好的轨迹文件，做MMPBSA计算，请问这样可以吗？

bigbang · 发表于 2016-1-16 19:42:04

我自己理解，设置PBRadii mbondi2 这一项是用来隐式模型计算极性溶剂化自由能的，动力学轨迹是用来计算分子力学能的，所以应该不会有影响，不知道我理解的对不对啊，还请各位指教！

momo · 发表于 2016-1-21 11:17:34

不懂正学习中

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