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[AutoDock&Vina] ADT-autodock做对接要注意:含有芳香氮原子的化合物

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发表于 2012-11-28 11:32:29 | 显示全部楼层 |阅读模式

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本帖最后由 天理-小新 于 2012-12-11 11:08 编辑

关于ADT-autodock做对接要注意:含有芳香氮原子的化合物。做了这么久,没想到这么细节的东西,我竟然不知道。首先,大家来看一张图。从这张图上可以看出,按照教程上用ADT处理后的分子,在三唑环上加了多余的两个氢,在制作pdbqt文件后,可以发现这氢合并了,似乎很正常,其实如果对接后,提取分子构像的时候,你会发现那两个氢气是存在的。如果用pyrx的朋友如果用它处理这类含芳香氮的分子会发现,也会出现这中情况。此外对与一些辅因子,也会出现这种情况,在将辅因子和蛋白一起做成受体pdbqt文件的时候,辅因子也会被加上。这点请大家注意。不仅仅是三唑环,还有吡啶等含芳香氮原子的分子都是这样。

芳香氮原子

芳香氮原子
 楼主| 发表于 2012-12-11 11:09:47 | 显示全部楼层
呵呵,刚补完全
发表于 2012-12-22 14:05:03 | 显示全部楼层
受教了
发表于 2012-12-22 20:19:27 | 显示全部楼层
谢谢。哪如何处理这种情况呢
发表于 2013-1-15 08:23:52 | 显示全部楼层
用raccoon自动转换就行。问题能解决
发表于 2013-1-15 09:16:03 | 显示全部楼层
我也遇到了这类情况,没明白具体怎样处理,恳请楼主详细解释下吧
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