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DS计算MD

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发表于 2015-11-17 10:51:45 | 显示全部楼层 |阅读模式

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最近我用DS3.0(windows版)计算MD,计算时间设置为3ns,现在已经运行了150多个小时还没有结束,一直停在done这个状态,已经有26个小时了,不知道是怎么回事,按照以前的话,出现Done后很快就会结束。计算的体系有点大,加完溶剂化之后有32620个原子,结果的保存频率为1PS保存一帧,现在电脑的CPU占用很少,1或者0。麻烦用DS软件或了解这方面计算的大神指导一下,万分感谢了!
发表于 2015-11-22 16:27:21 | 显示全部楼层
看样子是没有在计算啊,跑动力学建议不要用DS,换换其他的吧,GMX,amber都行
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