DS计算MD

玄泷 · 发表于 2015-11-17 10:51:45

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最近我用DS3.0（windows版）计算MD，计算时间设置为3ns,现在已经运行了150多个小时还没有结束，一直停在done这个状态，已经有26个小时了，不知道是怎么回事，按照以前的话，出现Done后很快就会结束。计算的体系有点大，加完溶剂化之后有32620个原子，结果的保存频率为1PS保存一帧，现在电脑的CPU占用很少，1或者0。麻烦用DS软件或了解这方面计算的大神指导一下，万分感谢了！

海洋 · 发表于 2015-11-22 16:27:21

看样子是没有在计算啊，跑动力学建议不要用DS，换换其他的吧，GMX，amber都行

玄泷 · 发表于 2015-11-24 08:58:32

谢谢版主

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