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[AMBER] amber fold protein 在heating阶段出现的问题

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发表于 2015-11-12 15:52:29 | 显示全部楼层 |阅读模式

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我用amber  fold my protein 在分步heating时出现了‘突刺 ’ 几乎每次都是升温的第一步这是什么显现,我的参数合理吗?
Stage 1 heating of complex 0 to 50K
&cntrl
  imin=0, irest=0, ntx=1,
  nstlim=10000, dt=0.0005,
  ntc=2, ntf=2,
  ntt=3,  gamma_ln = 2.0,
  tempi=0.0, temp0=50.0,
  ntpr=50, ntwx=50,
  ntb=0, igb=8, ioutfm=1,  iwrap=0,nscm=1,   ntwr=500,
  cut=999.,rgbmax=999.
/
END


几乎升温的第一步都出现了突刺

几乎升温的第一步都出现了突刺
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