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[Gromacs] 用amber ff14SB力场中的126lj非键模型进行金属蛋白模拟

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发表于 2015-10-27 23:14:06 | 显示全部楼层 |阅读模式

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因为看教程,amber中的14版力场可以直接用来模拟金属蛋白,参考了一些例子,模拟体系我是这么搭建的,麻烦大家看看,有没有问题,谢谢!

先用antechamber做好小分子pen的mol2文件和frcmod文件
tleap1:
source leaprc.ff14SB
source leaprc.gaff
PEN = loadmol2 pen.mol2
check PEN
loadamberparams pen.frcmod
saveoff PEN pen.lib
saveamberparm PEN pen.prmtop pen.inpcrd
quit

tleap2:
source leaprc.ff14SB
source leaprc.gaff
loadamberparams pen.frcmod
loadoff pen.lib
mol = loadpdb BCpen.pdb
loadamberparams frcmod.ionslrcm_cm_spce
loadamberparams frcmod.ionsjc_spce
solvatebox mol SPCBOX 10.0
loadamberparams frcmod.spce
addions mol CL 0
savepdb mol BCpen_solv.pdb
saveamberparm mol BCpen_solv.prmtop BCpen_solv.inpcrd
quit

能成功产生top 和 crd 文件,现在已经模拟上了,但是不知道上述方法有没有什么不对的地方,请大家指教!

 楼主| 发表于 2015-10-27 23:15:17 | 显示全部楼层
忘了说明,这个蛋白含有2个锌离子,4配位
发表于 2015-10-30 15:10:30 | 显示全部楼层
本帖最后由 syjohn 于 2015-10-30 15:20 编辑

因为看教程,amber中的14版力场可以直接用来模拟金属蛋白


当然可以了,官网上的教程显示可以利用[size=+2]12-6 Nonbonded model模型来进行拟合,但是不知道对于需要进行MMPBSA计算的来说是否可以,希望你有后续的更新
发表于 2016-1-15 19:37:23 | 显示全部楼层
loadamberparams frcmod.spce
这一步是给谁加的参数呀?
发表于 2016-1-15 19:37:44 | 显示全部楼层
可不可以用TIP3PBOX 呀?
发表于 2016-1-16 20:11:52 | 显示全部楼层
1.lloadamberparams frcmod.spce
这一步是给谁加的参数呀?
答:氯离子
2.可不可以用TIP3PBOX 呀?
可以,但是文献报导SPC水模型模拟效果好些
发表于 2020-9-3 15:14:31 | 显示全部楼层
跪求Amber ff14SB力场获取途径
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