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[AMBER] Amber和DS能否联用

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发表于 2015-10-24 12:42:26 | 显示全部楼层 |阅读模式

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求教:能否使用DS对接的结果进行amber的动力学模拟,同时Amber模拟后的动力学结构比如PDB文件以及对接后的数据能否在DS中使用
发表于 2015-10-25 23:23:52 | 显示全部楼层
第一,ds对接的后结果保存为pdb,那么amber是可以用的。第二,amber模拟后的动力学拓扑结构DS是不能打开的,DS支持仅CHARM。
 楼主| 发表于 2015-10-28 16:24:42 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2015-10-25 23:23
第一,ds对接的后结果保存为pdb,那么amber是可以用的。第二,amber模拟后的动力学拓扑结构DS是不能打开的 ...

能不能把Amber做得结果也保存成PDB,然后使用DS打开呢
发表于 2015-10-30 14:02:12 | 显示全部楼层
cheor3war 发表于 2015-10-28 16:24
能不能把Amber做得结果也保存成PDB,然后使用DS打开呢

这个是可以的,不过既然用amber做分子动力学,那么你关心的应该是整个过程,而不仅仅是最后一帧的结果。
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