Gromacs CPU的问题

kangsgo

跑了能量最小化以后显示这个，我的GPU卡很差，GTX750TI，出现这种负载颠倒的情况能够优化吗？
NOTE: The GPU has >20% more load than the CPU. This imbalance causes
      performance loss, consider using a shorter cut-off and a finer PME grid.

NOTE: 14 % of the run time was spent in pair search,
      you might want to increase nstlist (this has no effect on accuracy)

川大-灰太狼

gromacs要注意cpu和gpu的搭配，gromacs设置了gpu用于计算非键相互作用，cpu计算成键相互作用。所以如果cpu快了，gpu慢了，那么cpu就要等gpu，反之则gpu等cpu，这样就导致了计算速度下降。

kangsgo

川大-灰太狼 发表于 2015-10-25 23:22
gromacs要注意cpu和gpu的搭配，gromacs设置了gpu用于计算非键相互作用，cpu计算成键相互作用。所以如果cpu ...

嗯嗯，好的，谢谢灰太狼o(∩_∩)o

atmdd

川大-灰太狼 发表于 2015-10-25 23:22
gromacs要注意cpu和gpu的搭配，gromacs设置了gpu用于计算非键相互作用，cpu计算成键相互作用。所以如果cpu ...

灰太狼大大，可以理解成只要gpu速度快于cpu就不会拖计算后腿吗？

川大-灰太狼

atmdd 发表于 2015-10-30 11:49
灰太狼大大，可以理解成只要gpu速度快于cpu就不会拖计算后腿吗？

两个要搭配好，谁都不能慢，就如同水桶理论一样：）

kangsgo

川大-灰太狼 发表于 2015-10-30 14:01
两个要搭配好，谁都不能慢，就如同水桶理论一样：）

那这个主要是要修改md.mdp中的哪个呢？

title       = Protein-ligand complex MD simulation
; Run parameters
integrator  = md        ; leap-frog integrator
nsteps      = 15000000    ; 2 * 15000000 = 30000 ps (30 ns)
dt          = 0.002     ; 2 fs
; Output control
nstxout             = 0         ; suppress .trr output
nstvout             = 0         ; suppress .trr output
nstenergy           = 5000      ; save energies every 10.0 ps
nstlog              = 5000      ; update log file every 10.0 ps
nstxout-compressed  = 5000      ; write .xtc trajectory every 10.0 ps
compressed-x-grps   = System
energygrps          = Protein EVO
; Bond parameters
continuation    = yes           ; first dynamics run
constraint_algorithm = lincs    ; holonomic constraints
constraints     = all-bonds     ; all bonds (even heavy atom-H bonds) constrained
lincs_iter      = 1             ; accuracy of LINCS
lincs_order     = 4             ; also related to accuracy
; Neighborsearching
cutoff-scheme   = Verlet
ns_type         = grid      ; search neighboring grid cells
nstlist         = 10        ; 20 fs, largely irrelevant with Verlet
rcoulomb        = 1.4       ; short-range electrostatic cutoff (in nm)
rvdw            = 1.4       ; short-range van der Waals cutoff (in nm)
; Electrostatics
coulombtype     = PME       ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics
pme_order       = 4         ; cubic interpolation
fourierspacing  = 0.16      ; grid spacing for FFT
; Temperature coupling
tcoupl      = V-rescale                     ; modified Berendsen thermostat
tc-grps     = Protein_EVO Water_and_ions    ; two coupling groups - more accurate
tau_t       = 0.1   0.1                     ; time constant, in ps
ref_t       = 300   300                     ; reference temperature, one for each group, in K
; Pressure coupling
pcoupl      = Parrinello-Rahman             ; pressure coupling is on for NPT
pcoupltype  = isotropic                     ; uniform scaling of box vectors
tau_p       = 2.0                           ; time constant, in ps
ref_p       = 1.0                           ; reference pressure, in bar
compressibility = 4.5e-5                    ; isothermal compressibility of water, bar^-1
; Periodic boundary conditions
pbc         = xyz       ; 3-D PBC
; Dispersion correction
DispCorr    = EnerPres  ; account for cut-off vdW scheme
; Velocity generation
gen_vel     = no        ; assign velocities from Maxwell distribution