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[Gromacs] 分析

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发表于 2015-10-21 13:39:45 | 显示全部楼层 |阅读模式

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请教一个问题,定点突变蛋白质后,gromacs跑完动力学后50度下跑出来的rmsd的值要比70度的高,70度的rmsd值要比90度下的高,这个属于正常吗?回旋半径也是一样的,
发表于 2015-10-25 23:19:53 | 显示全部楼层
一般来说,这样的结果是不正确的,超过50度一般都会导致蛋白质变性。如果你的蛋白比较特殊,外环境控制得好,70-90度也许蛋白还有活性。按照热力学来说,温度越高,分子的原子的震动也越大,rmsd应该更大。
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