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[Gromacs] 新人求助:.gro文件如何转为pdb

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发表于 2015-9-25 20:56:41 | 显示全部楼层 |阅读模式

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我用gromacs对一个同源模建出的蛋白做能量最小化,得到的优化好的.gro文件如何再变成pdb呢?
发表于 2015-9-26 08:39:02 | 显示全部楼层
editconf -f **.gro -o **.pdb
 楼主| 发表于 2015-9-26 10:07:34 | 显示全部楼层
XYwinne 发表于 2015-9-26 08:39
editconf -f **.gro -o **.pdb

感谢回复,我用trjconv做出来了,现在试一下editconf看看
发表于 2015-11-18 09:55:57 | 显示全部楼层
您好,我将能量最小化后的gro文件转为pdb文件后,发现pdb110M,文件太大了。autodock打不开了。特别卡您是否遇到同样问题,如何解决的。谢谢
发表于 2015-12-1 13:44:53 | 显示全部楼层
文件太大是因为蛋白仍然放在溶剂中,首先需要用pymol打开,去除水分子和添加的离子。再保存蛋白分子即可。
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