新人求助：.gro文件如何转为pdb

花火 · 发表于 2015-9-25 20:56:41

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我用gromacs对一个同源模建出的蛋白做能量最小化，得到的优化好的.gro文件如何再变成pdb呢？

XYwinne · 发表于 2015-9-26 08:39:02

editconf -f **.gro -o **.pdb

花火 · 发表于 2015-9-26 10:07:34

XYwinne 发表于 2015-9-26 08:39
editconf -f **.gro -o **.pdb

感谢回复，我用trjconv做出来了，现在试一下editconf看看

zhouyuewolf · 发表于 2015-11-18 09:55:57

您好，我将能量最小化后的gro文件转为pdb文件后，发现pdb110M，文件太大了。autodock打不开了。特别卡您是否遇到同样问题，如何解决的。谢谢

zhouyuewolf · 发表于 2015-12-1 13:44:53

文件太大是因为蛋白仍然放在溶剂中，首先需要用pymol打开，去除水分子和添加的离子。再保存蛋白分子即可。

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