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[Gromacs] GMX在ubuntu系统下的安装,小编个人的安装经验仅供参考!

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发表于 2015-9-23 12:12:26 | 显示全部楼层 |阅读模式

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  首先  我是系统管理员下面的一个子用户,所以没有管理员权限,安装过程有点麻烦,但是安装开源的软件都可以在我自己目录下面!  不喜勿喷!
1-安装cmake
    去cmake官网下载 cmake-3.3.1.tar.gz
    tar -xvf cmake-3.3.1.tar.gz
    cd cmake
    cd cmake-3.3.1
    这一步是关键 ./bootstrap --prefix=/路径/cmake3.3.1
    make
    make install
    设置cmake环境变量    去修改bashrc文件 (或者在用户bin里 建一个文件 放入cmake的路径 把文件设置可执行  这个方法不正规)
    运行cmake看看有没有装好
2-gromacs的安装
  去官网下载gromacs-5.1.tar.gz
  tar -xvf gromacs-5.1.tar.gz
  cd gromacs-5.1
  mkdir build
  cd build
  cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DGMX_SIMD=None -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/路径/gmx/gromacs-5.1
  make
  make install
  source  /路径/gromacs-5.1/bin/GMXRC
  GMXRC是配置文件,可在bashrc里面加入环境变量  vi .bashrc 然后 source  /路径/gromacs-5.1/bin/GMXRC  source .bashrc即可
注意:-DGMX_SIMD=None  这里做了改变,安装对于不同的电脑,官网的还是需要自己去探索,不是一成不变的安装过程
以上是小编的安装新得  希望对新手小白有所帮助!

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发表于 2015-9-23 14:53:40 | 显示全部楼层
本帖最后由 greatzdl 于 2015-9-23 14:55 编辑

请问-DGMX_SIMD=None 这个改变是什么意思,如此设置对我的编译结果会有什么影响呢?希望能得到您的回复。我也是小白
 楼主| 发表于 2015-9-24 08:49:04 | 显示全部楼层
greatzdl 发表于 2015-9-23 14:53
请问-DGMX_SIMD=None 这个改变是什么意思,如此设置对我的编译结果会有什么影响呢?希望能得到您的回复。我 ...

greatzdl   你怎么又跑过来了?上个帖子你还没闹够?
发表于 2015-9-24 09:04:09 | 显示全部楼层
prince好先森 发表于 2015-9-24 08:49
greatzdl   你怎么又跑过来了?上个帖子你还没闹够?

互相交流嘛
上个帖子最后的你的留言我没看到,然后帖子就没有了。
我感到很遗憾。
大家都是小白,互相交流嘛
 楼主| 发表于 2015-9-24 14:42:56 | 显示全部楼层
您是大神 我是小白 好不!你要是闲着蛋疼,你去别的地方逛逛吧!
发表于 2015-9-25 09:29:24 | 显示全部楼层
prince好先森 发表于 2015-9-24 14:42
您是大神 我是小白 好不!你要是闲着蛋疼,你去别的地方逛逛吧!

你说话好难听啊,
你这态度不是学习交流的态度啊
感觉你这样做 是在给论坛抹黑
请你回答一下我的问题吧?
请问-DGMX_SIMD=None 这个改变是什么意思,如此设置对我的编译结果会有什么影响呢?希望能得到您的回复。我也是小白

谢谢
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