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[Gromacs] 怎么分析gromacs运行MD后用mmpbsa求得的结合能数据啊?

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发表于 2015-9-14 17:59:40 | 显示全部楼层 |阅读模式

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本人是用gromacs运行MD的,然后得到的数据用mmpbsa计算得到以下的自由能数据:C:\Users\Administrator\Desktop\QQ图片20150914175542.png
可是不懂怎么分析数据啊!也不懂文献里面的结合能数据到底是哪项加哪项得出来的!!!跪求各位大神指点!!!可以的话顺便给我推荐几篇关于这方面的文献更好!O(∩_∩)O谢谢
 楼主| 发表于 2015-9-15 09:24:58 | 显示全部楼层
附图不显示!!!以下是结合能计算结果!通过什么公式得到文献里面的数据啊?
#                    DELTA
#          -----------------------
#                  MEAN        STD
#          =======================
ELE              -25.47       3.25
VDW              -54.57       2.46
INT               -0.00       0.01
GAS              -80.04       3.16
PBSUR             -4.41       0.06
PBCAL             21.31       2.20
PBSOL             16.90       2.21
PBELE             -4.16       3.36
PBTOT            -63.14       3.59
发表于 2015-9-15 10:25:52 | 显示全部楼层
g_mmpbsa—A GROMACS Tool for High-Throughput MM-PBSA Calculations,DOI: 10.1021/ci500020m
发表于 2015-9-15 12:49:59 | 显示全部楼层
1. GMXPBSA 2.1: A GROMACS tool to perform MM/PBSA and computational alanine scanning.  Comp. Phy. Commu. 2015;
2. g_mmpbsa—A GROMACS Tool for High-Throughput MM-PBSA Calculations. J. Chem. Inf. Model.,2014
发表于 2015-9-17 22:21:38 | 显示全部楼层
图片上传后,然后再点下图片,才能插入帖子中。:)gromacs的mmpbsa是否已经安装好了?
 楼主| 发表于 2015-9-19 17:44:59 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2015-9-17 22:21
图片上传后,然后再点下图片,才能插入帖子中。:)gromacs的mmpbsa是否已经安装好了? ...

安装好了呢!我已经计算得出数据啦!就是不懂怎么分析怎么写文章
 楼主| 发表于 2015-9-19 17:45:44 | 显示全部楼层
墨竹晓风 发表于 2015-9-15 12:49
1. GMXPBSA 2.1: A GROMACS tool to perform MM/PBSA and computational alanine scanning.  Comp. Phy. Co ...

O(∩_∩)O谢谢大神!我修炼修炼去。。。
 楼主| 发表于 2015-9-19 17:46:07 | 显示全部楼层
greatzdl 发表于 2015-9-15 10:25
g_mmpbsa—A GROMACS Tool for High-Throughput MM-PBSA Calculations,DOI: 10.1021/ci500020m

好的,O(∩_∩)O谢谢!
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