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[提问] 使用gromacs怎样才能让小分子从口袋外向口袋里面或通道里....

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发表于 2015-9-7 10:31:33 | 显示全部楼层 |阅读模式

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一般跑动力学都是初始结构小分子位于结合口袋,然后向口袋外面跑,怎样才能让小分子从口袋外向口袋里面或通道里面跑?
发表于 2015-9-22 14:52:45 | 显示全部楼层
这个很难,也说不清楚。
但是DESHAW去年还是前年有篇nature,好像做的GPCR的变构抑制剂从外面进入其变构位点的过程。
这个需要足够的模拟时长,同时运气的成分也在里面。
如果你这么做,几乎是在挑战动力学的极限吧。
 楼主| 发表于 2015-10-8 18:52:45 | 显示全部楼层
greatzdl 发表于 2015-9-22 14:52
这个很难,也说不清楚。
但是DESHAW去年还是前年有篇nature,好像做的GPCR的变构抑制剂从外面进入其变构位 ...

谢谢回复,其实有好多文章他们做的就是从口袋外面向里跑,但模拟时间都特别长,一直都不知道是怎么做的
发表于 2017-11-30 21:52:16 | 显示全部楼层
yccai 发表于 2015-10-8 18:52
谢谢回复,其实有好多文章他们做的就是从口袋外面向里跑,但模拟时间都特别长,一直都不知道是怎么做的 ...

请问楼主知道那些从口袋外到口袋内的分子动力学的文献,能发我一份吗?两年后不知道还能否收到回复
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