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想跑蛋白与小分子复合物的MD,想看看一段时间内它们相互作用情况。我看nvt.mdp npt.mdp md.mdp文件里的constraints都默认all-bonds,这是否是说所有原子位置都固定住了,就无法看到我想要的结果了呢?但是我把md.mdp的constraints改成none 又会出错。
WARNING 1 [file topol.top, line 56128]:
The bond in molecule-type Protein_chain_A between atoms 114 OG1 and 115
HG1 has an estimated oscillational period of 9.0e-03 ps, which is less
than 5 times the time step of 2.0e-03 ps.
Maybe you forgot to change the constraints mdp option.
请问怎么解决这种情况呢?谢谢! |
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