SASA计算

sun · 发表于 2015-7-15 19:17:50

马上注册，结交更多好友，下载更多分子模拟资源。

您需要登录才可以下载或查看，没有帐号？我想注册

x

想用amber算轨迹的溶剂可及性表面积SASA，可是不知道该怎么做，看amber教程也没找到，请各位前辈指教

sztian · 发表于 2016-1-14 16:08:18

amber 教程里是没有的，要用到cpptraj, 输入文件是***.ptraj,内容比如下边：
trajin ./prod1.mdcrd
molsurf  protein  :1-233  out surf probe 1.4
molsurf  ligand :234 out surf probe 1.4
molsurf  complex  :1-234  out surf probe 1.4

命令行输入：cpptraj ***.prmtop < ***.ptraj
输出文件在 surf 中，
这么久了，估计楼主问题已解决了吧

帐号		自动登录	找回密码
密码			我想注册

[AMBER] SASA计算

马上注册，结交更多好友，下载更多分子模拟资源。