Amber12串行版GPU加速的 gnu编译安装

winterhell · 发表于 2015-6-29 14:09:29

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一、amber12 gnu在ubuntu系统下的编译安装方法：

1. 安装必要程序：
sudo apt-get install gcc g++ libxt-dev libxext-dev flex gfortran tcsh libnetcdf-dev patch csh bison xorg-dev zlib1g-dev libbz2-dev
mpi我们选择安装openmpi
2. 解压ambertools12和amber12：
cd /home/zheng/softwares/amber
tar xfj AmberTools12.tar.bz2
tar xfj Amber12.tar.bz2
3. 设置环境变量：
cd amber12
echo "export AMBERHOME=$PWD" >> ~/.bashrc
echo "export PATH=$PATH

AMBERHOME/bin" >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
4. 打补丁：
./update_amber --update或者手动打补丁，从官网下载补丁用以下命令patch -p0 -N < bugfix.all bugfix.all即官网的bugfix.1,bugfix.2等等
5. 安装串行版amber12：
make clean
./configure gnu
make install
make test

6. 安装CUDA加速的PMEMD

make clean
./configure -cuda gnu
make install
make test
7.本人习惯...按需要将相关文件复制到/usr/local/amber12下，重新定义路径，源文件夹make clean（此步骤可不做，路径怎么适合你怎么来）

川大-灰太狼 · 发表于 2015-6-30 10:08:51

请问这个方法是否亲自测试过呢？

winterhell · 发表于 2015-6-30 16:30:00

亲测过两次了，都没问题

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