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[AMBER] 请教 计算自由能出错 50568.6900

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发表于 2015-6-14 20:42:29 | 显示全部楼层 |阅读模式

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py计算自由能出错  高达50568.6900 请教什么问题

WARNING: INCONSISTENCIES EXIST WITHIN 1-4 NON-BONDED TERMS.
         CHECK YOUR INPUT FILES AND SYSTEM SETUP. THESE RESULTS MAY NOT BE RELIABLE (check differences)!

The most common cause of this is inconsistent charge definitions across topology files.
Complex:
Energy Component            Average              Std. Dev.   Std. Err. of Mean
-------------------------------------------------------------------------------
VDWAALS                  -2718.6550               23.2550              3.2887
EEL                     -25740.6743               67.8682              9.5980
1-4 VDW                  51824.5987              168.4752             23.8260
1-4 EEL                  15171.7254               39.9130              5.6445
EPB                      -4206.7956               53.9916              7.6356
ECAVITY                     94.6725                0.8663              0.1225

G gas                    38536.9948              173.1542             24.4877
G solv                   -4112.1230               53.5176              7.5685

TOTAL                    34424.8718              165.1324             23.3533


Receptor:
Energy Component            Average              Std. Dev.   Std. Err. of Mean
-------------------------------------------------------------------------------
VDWAALS                  -2675.4160               22.4850              3.1799
EEL                     -25745.9974               67.3329              9.5223
1-4 VDW                   1225.3651               15.0300              2.1256
1-4 EEL                  15237.4766               41.1194              5.8152
EPB                      -4227.4632               53.4937              7.5652
ECAVITY                     95.4413                0.9231              0.1305

G gas                   -11958.5717               72.9034             10.3101
G solv                   -4132.0219               52.9671              7.4907

TOTAL                   -16090.5936               32.8781              4.6497


Ligand:
Energy Component            Average              Std. Dev.   Std. Err. of Mean
-------------------------------------------------------------------------------
VDWAALS                     -2.1803                1.3079              0.1850
EEL                         19.3867                3.0099              0.4257
1-4 VDW                     13.0530                1.2626              0.1786
1-4 EEL                    -65.7125                3.1248              0.4419
EPB                        -20.1295                0.8929              0.1263
ECAVITY                      2.3579                0.0212              0.0030

G gas                      -35.4531                1.9253              0.2723
G solv                     -17.7716                0.8862              0.1253

TOTAL                      -53.2247                2.1618              0.3057


Differences (Complex - Receptor - Ligand):
Energy Component            Average              Std. Dev.   Std. Err. of Mean
-------------------------------------------------------------------------------
VDWAALS                    -41.0588                2.0698              0.2927
EEL                        -14.0635                2.3104              0.3267
1-4 VDW                  50586.1806              167.7348             23.7213
1-4 EEL                     -0.0387                0.7902              0.1117
EPB                         40.7971                3.4576              0.4890
ECAVITY                     -3.1267                0.1089              0.0154

DELTA G gas              50531.0196              167.3622             23.6686
DELTA G solv                37.6704                3.4639              0.4899


DELTA G binding =          50568.6900 +/-    167.2756                23.6563

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