amber中NADtop文件的生成

岸芷汀兰

一些酶只靠酶中蛋白质部分不能表现出酶的活性或全部活性，还需要与称为辅助因子的非蛋白成分结合才能形成具有活性的全酶。辅助因子分为两种类型，一类是称之必需离子的无机离子，常常是一些金属离子，另一类是称之辅酶或辅基的有机化合物。很多蛋白质在行驶生物催化反应都需要辅酶（NADH、NADPH）的参与。用Amber做动力学时辅酶生成top文件时需要提别的处理，将处理过程整理如下，供大家分享，若有不妥地方请大家帮忙指正修改：
1、NAD的力场：
在Amber中有现成的：http://www.pharmacy.manchester.ac.uk/bryce/amber
本例使用的是walker的NAD相关力场参数：nad.frcmod和nad.lib
2、将体系中NAD保存为pdb格式，然后将pdb中的原子名称修改为与nad.lib中的一致（此处包括大小写等都要一致）
3、终端打开：tleap
source oldff/leaprc.ff99SB
source leaprc.gaff
gaff = loadamberparams gaff.dat
loadamberparams nad.frcmod
loadoff nad.lib
NAD = loadpdb "nad.pdb"
check NAD
saveamberparm NAD nad.prmtop nad.inpcrd
quit
注意：
NAD = loadpdb "nad.pdb"时若出现这样的提示：

loadpdb

可以按照这里进行修改：http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial1/section3.htm