运行Gromacs的pdb2mgx时提示氨基酸的原子不完整

背包旅客 · 发表于 2015-5-8 19:30:24

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我运行Gromacs时，用pdb2mgx选择完力场（ GROMOS96 43a1 force field）后提示氨基酸不完整，Fatal error:
Incomplete ring in HIS396（HIS396号残基缺失5个原子）
我仔细查了一下，发现原来的pdb文件里面氨基酸序列是对的，但在pdb文件里HIS396号残基缺失了5个原子！意味着我要补回那五个缺失的原子以及相应参数才能继续运行Gromacs，可是我不懂要怎么修复！我只会用chimera修复氨基酸序列啊！不懂修复残基原子结构啊！跪求大神指教！

琦锅锅_XI7es · 发表于 2020-9-5 10:21:20

可使用swiss pdbviewse导入蛋白质，重新保存

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[Gromacs] 运行Gromacs的pdb2mgx时提示氨基酸的原子不完整

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