共价体系用Amber跑完MD想下一步做MM/GBSA，蛋白质和配体参数...

逍遥的猫科动物

各位有经验的前辈，请教一个问题：我在用Amber做共价体系的MD时没有考虑之后要做结合自由能计算，所以参数设置需要重新修改。我想计算共价体系的MM/GBSA，请问参数如何设置才行？
我的初步想法是将共价链接的小分子当作蛋白质的一部分，然后以一个水分子为配体，具体的操作我简要列出来，希望有人能帮我想想如何解决。
$tleap -s -f leaprc.ff12SB
> loadoff 配体.lib
> loadamberparams 配体.frcmod
> loadoff 与配体相连的残基.lib
> com = loadpdb com.pdb
> bond com.XX.残基上的原子 com.XX.配体上的原子
> pro = loadpdb pro.pdb
> bond pro.XX.残基上的原子 pro.XX.配体上的原子
> HOH = loadpdb lig.pdb
> set default PBRadii mbondi2
> saveamberparm com com.prmtop com.inpcrd
> saveamberparm pro pro.prmtop pro.inpcrd
> saveamberparm HOH lig.prmtop lig.inpcrd
> savepdb com com_lig.pdb
> charge com
> loadamberparams frcmod.ionsjc_tip3p
> solvateOct com TIP3PBOX 10
> addions com Na+ 0
> saveamberparm com com-water-box.prmtop com-water-box.inpcrd
> savepdb com com-water-box.pdb
> quit

跑MM/GBSA
nohup mpirun -np 16 $AMBERHOME/bin/MMPBSA.py.MPI -O -i ../../md_input/mmpbsa_pairwise_decomp.in -o  FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat -do FINAL_DECOMP_MMPBSA.dat -sp ../../XXXX-water-box.prmtop -cp ../../prmtop/com.prmtop -rp ../../prmtop/pro.prmtop -lp ../../prmtop/lig.prmtop -y *.mdcrd > progress.log 2>&1 &


请各位不吝赐教！

逍遥的猫科动物

各位能否给点启发性建议，大家一起讨论下也好啊。

lrf1980

用QM/MM方法吧，amber网站上有例子

逍遥的猫科动物

lrf1980 发表于 2015-5-5 13:22
用QM/MM方法吧，amber网站上有例子

你的意思是让我重新跑MD？其他软件能够做到计算MM-GBSA吗？比如Gromacs？

lrf1980

逍遥的猫科动物 发表于 2015-5-7 09:18
你的意思是让我重新跑MD？其他软件能够做到计算MM-GBSA吗？比如Gromacs？

对，重新用QM/MM跑MD，因为这个方法的计算适合你的体系，MM-GBSA只是一种计算free binding energy的一个方法。

背包旅客

lrf1980 发表于 2015-5-10 21:26
对，重新用QM/MM跑MD，因为这个方法的计算适合你的体系，MM-GBSA只是一种计算free binding energy的一个 ...

可以请教一下，MM-GBSA怎么计算结合自由能呢？？？我不懂这个。。。我只需要计算分残基的结合自由能！谢谢

lrf1980

背包旅客 发表于 2015-11-9 10:20
可以请教一下，MM-GBSA怎么计算结合自由能呢？？？我不懂这个。。。我只需要计算分残基的结合自由能！谢 ...

mmpbsa.in

Input file for running PB and GB
&general
startframe=1, endframe=100, interval=2,
verbose=2, keep_files=0,
/
&pb
  istrng=0.100, inp=2, fillratio=4, scale=2.0,
  linit=1000, prbrad=1.4, radiopt=1,
/
&decomp
  idecomp=2, dec_verbose=1,
/


MMPBSA_analyze.sh
#!/bin/sh
# -O overwrite existing output files
# -i input_file contain other parameters
# -o output_file, final MM/PBSA statistics file. Default Final_Results_MMPBSA.dat
# -eo CSV-format output of all energy terms for every frame in every calculation
# -deo CSV-format output of all decomposition energy terms for every frame
# -sp solvated complex topology file
# -cp complex topology file
# -rp receptor topology file
# -lp ligand topology file
# -y input trajectory file for analysis
#
MMPBSA.py -O -i mmpbsa.in -o Final_Results_MMPBSA.dat -eo energy.csv -do decomp.csv -deo dec-energy.csv  -sp ../com_wat.prmtop -cp ../com.prmtop -rp ../rec.prmtop -lp ../lig.prmtop -y ../equil5.mdcrd ../equil6.mdcrd ../equil7.mdcrd ../equil8.mdcrd ../equil9.mdcrd ../equil10.mdcrd >log

背包旅客

lrf1980 发表于 2015-11-9 17:00
mmpbsa.in

Input file for running PB and GB

你好，我知道前面两个是输入文件，但是命令：MMPBSA.py -O -i mmpbsa.in -o Final_Results_MMPBSA.dat -eo energy.csv -do decomp.csv -deo dec-energy.csv  -sp ../com_wat.prmtop -cp ../com.prmtop -rp ../rec.prmtop -lp ../lig.prmtop -y ../equil5.mdcrd ../equil6.mdcrd ../equil7.mdcrd ../equil8.mdcrd ../equil9.mdcrd ../equil10.mdcrd >log 中的4个.mdcrd文件是在哪一步生成的呀？？？

背包旅客

lrf1980 发表于 2015-11-9 17:00
mmpbsa.in

Input file for running PB and GB

哦哦，我懂啦！不好意思我忘记教程前面提到过。。。O(∩_∩)O哈哈~！谢谢了，我先试试~~~

tbw258

请问楼主最后怎么完成的？  mmpbsa不是只能计算uncovalent的结合自由能吗？
例外能把你们的脚本分享参考下吗谢谢