g_mmpbsa拆分能量问题

light · 发表于 2015-4-1 16:09:30

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为什么用g_mmpbsa算蛋白和小分子抑制剂的结合能并拆分后，发现不在口袋或者离口袋很远的氨基酸，也会有结合能贡献。进一步分析发现，这部分结合能得贡献主要是MM的贡献。
请问各位大神，这是为什么？
我算得有问题吗？

墨竹晓风 · 发表于 2015-4-4 12:40:02

正常的啊，每一个残基都会对结合小分子起作用的，只是程度区别。离口袋很远的残基，贡献的能量应该很小了吧。

light · 发表于 2015-4-5 18:07:28

本帖最后由 light 于 2015-4-5 18:14 编辑

墨竹晓风发表于 2015-4-4 12:40
正常的啊，每一个残基都会对结合小分子起作用的，只是程度区别。离口袋很远的残基，贡献的能量应该很小了吧 ...

我的贡献很大，如图算成了这个屎样子。第一个图是总的结合能的图，第二个图是MM能的图，第三个是PB图，第四个是SA的图，131-255是我的口袋部分。很明显我的MM能算得有问题,更有意思的是结合能大于0的都是带正电的LYS和ARG，结合能小于0的都是带负电的ASP和GLU。

0444909yuan · 发表于 2015-4-28 10:50:30

不知道这个g_mmpbsa是否准确，从我用的结果来看可靠性不是很强……

light · 发表于 2015-4-28 19:40:12

0444909yuan 发表于 2015-4-28 10:50
不知道这个g_mmpbsa是否准确，从我用的结果来看可靠性不是很强……

你算得是总能量不正常还是拆分的不正常？

不经意间的呐喊 · 发表于 2015-5-4 16:41:33

距离很远的总的贡献应该很小了。你的这个看起来确实有问题。而且G_MMPBSA目前用来发文章的还不是很多。Amber的那个很多

不经意间的呐喊 · 发表于 2015-5-4 16:44:04

不过从2，3，4图来看也很正常的

0444909yuan · 发表于 2015-7-6 19:46:30

light 发表于 2015-4-28 19:40
你算得是总能量不正常还是拆分的不正常？

总的不正常……

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[Gromacs] g_mmpbsa拆分能量问题