MD之前位置限制性模拟是先跑NVT再跑NPT好些，还是先跑NPT再...

zhangmao511 · 发表于 2015-3-30 19:55:29

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本帖最后由 zhangmao511 于 2015-3-30 19:58 编辑

请教一下，MD之前不是先要跑一下位置限制性模拟吗（比如GROMACS），是先跑NVT再跑NPT好些；还是先跑NPT再跑NVT好些呢？？
然后，我的体系就是1个蛋白在三协晶体的水盒子里。我是先跑的NVT的100PS，再跑的NPT的100PS。但是跑完NPT后，显示平均压强6.82bar。我NPT参数文件里写的是ref_p= 1.0。差别怎么那么大啊？？是我哪里搞错了吗？求教！！

这个是我NPT的参数：

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