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[其他] 小分子间RMSD计算编程可旋转对称结构如何处理?

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发表于 2015-3-17 10:38:08 | 显示全部楼层 |阅读模式

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我正在用python3写一个脚本来计算对接后分子pose和原晶体结构中pose的rmsd,但是个别分子因为含有可旋转的对称结构比如一个苯基(如下图),肉眼看其位置是一样的而且是等效的,但是如果按分子文件中的原子顺序来看分子1的C23在A处,分子B的C23在B处,这样计算出来的RMSD差别比较大,这个如何处理?
QQ截图20150317103518.png

 楼主| 发表于 2015-3-17 10:41:01 | 显示全部楼层
有没有现成的可解决此问题的计算rmsd的方法推荐?
发表于 2015-3-17 10:55:24 | 显示全部楼层
能自己写RMSD比较的脚本 先膜拜下楼主
adt里面默认的rmsd都是考虑了空间构象的 对于lz的情况 RMSD接近0 楼主尝试可以找找相关的py可执行程序 参考下
 楼主| 发表于 2015-3-17 11:06:12 | 显示全部楼层
pesticide_ccnu 发表于 2015-3-17 10:55
能自己写RMSD比较的脚本 先膜拜下楼主
adt里面默认的rmsd都是考虑了空间构象的 对于lz的情况 RMSD接近0 楼 ...

好的,我找找看下,版主你在bioms群里面昵称是什么?
发表于 2015-3-17 15:14:03 | 显示全部楼层
以前 数据挖掘 写过一个脚本,只是用C写的。可以参考
http://bioms.org/forum.php?mod=v ... 4&highlight=rms
 楼主| 发表于 2015-3-17 15:46:08 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2015-3-17 15:14
以前 数据挖掘 写过一个脚本,只是用C写的。可以参考
http://bioms.org/forum.php?mod=viewthread&tid=304& ...

他的这个我看过的,思路和我是一样的,都没有对这种问题进行处理。大家谁知道对称检查算法(symmetry
checking algorithm)?对称检测算法扫描参考分子所有原子的坐标,然后选择离得最近的相同类型的原子计算它们之间距离,得到总的距离的平方和。
 楼主| 发表于 2015-3-17 16:22:48 | 显示全部楼层
pesticide_ccnu 发表于 2015-3-17 10:55
能自己写RMSD比较的脚本 先膜拜下楼主
adt里面默认的rmsd都是考虑了空间构象的 对于lz的情况 RMSD接近0 楼 ...

我在mgltool的文件夹里面找到了一个rmsd计算的py文件,只是一个计算两个坐标列表之间的rmsd的类,同样没有对于空间对称性的处理。autodock里面rmsnosym参数是关于分子对称性的,这个应该是在autodock里面实现的吧。我看找得到不。
发表于 2015-3-17 21:59:20 | 显示全部楼层
http://lephar.com/download.htm

To calculate RMSD values of docking poses of a small molecule relative to its native pose in an X-ray structure via structural match accounting for symmetry
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