md结果分析协方差矩阵的疑惑

hongyibaixue

指令为g_covar -s md.tpr -f md.xtc -o eigenvalues.xvg -v eigenvector.trr -xpma covar.xpm
疑惑①，为什么输入完上述指令，选C-alpha  在终端显示“段错误，核心已转储”？我百度了一下，但是没解决，大神指点一下；
疑惑②，上述指令可以生成covar.xpm 和 eigenvector.trr ，但是生成的eigenvalues.xvg文件里面 为什么没有数据？只有350字节，几乎没有内容。eigenvalues.xvg的所有内容展示如下：
# This file was created Sun Mar 15 20:06:12 2015
# by the following command:
# g_covar -s md.tpr -f md.xtc -o eigenvalues.xvg -v eigenvectors.trr -xpma covar.xpm
#
# g_covar is part of G R O M A C S:
#
# GRowing Old MAkes el Chrono Sweat
#
@    title "Eigenvalues of the covariance matrix"
@    xaxis  label "Eigenvector index"
@    yaxis  label "(nm\S2\N)"
@TYPE xy

hongyibaixue

不好意思我的提问里面没说清楚。其实疑惑①，是在我使用台式机的时候出现的“段错误，核心已转储”。然后 我换成笔记本  输入协方差矩阵的指令之后，并没有提示“段错误，核心已转储”这个信息，但是生成的eigenvalues.xvg文件里面 为什么没有数据？这就是疑惑②。请指点一下

yuyuqi

把轨迹下下来，用VMD看一下有没有问题

hongyibaixue

最近在KTH-leos大神的帮助下，已经解决了eigenvalues.xvg文件中没有生成数据的问题。现在自己回答自己的问题，好帮助更多的人。需要说明的是    上面的疑惑②中的问题 是 在gromacs-4.6.6版本中出现的。同样的xtc文件和tpr文件  在gromacs-5.0以上的版本中就可以生成eigenvalues.xvg中的数据，说明 可能是版本的问题？这个 就不得而知了，反正换了GMX版本就可以解决了