怎么以疏水性残基为中心对蛋白质表面的选择与划分

liliinjn · 发表于 2015-3-9 09:06:46

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想问一下采用什么软件能够以疏水性残基为中心对蛋白质表面的选择与划分？而且这种划分好像是随机的。
具体参考文献写的是：“为了系统的研究TaAFP与冰晶面的结合位点，将TaAFP的表面划分为若干个蛋白免，通过测定蛋白面与冰晶相互结合能力的强弱来确定TaAFP与冰晶面的最佳结合位点。考虑到在TaAFP与冰晶相互作用时，疏水性基团可能会被冰面或水排斥而成为某个蛋白面的中心，或者蛋白质发生形变将疏水部位部分包裹起来，因此以部分疏水性氨基酸残基为中心，可以有效地筛选TaAFP与冰晶面的最佳结合位点。按照上述思路构建了8个冰晶结合面，这8个面可以完全覆盖蛋白表面，并且都有重叠部分，构建时，尽量保证每个面都趋于平坦，由于蛋白的立体结构，一个面所包含的氨基酸残基同时也会出现在其他的面”。没有写方法和软件。

fanc232 · 发表于 2015-3-9 14:40:00

我没做过这方面的工作，看到这个帖子说说自己的想法，就当是我顶帖了。你可以找本有机化学或者生物化学方面的书查查，疏水性氨基酸残基就那么几个。蛋白质折叠之后，大部分疏水性氨基酸就被包在内部了，只有少数分布在表面。这里面也许是说，以蛋白质表面的疏水性氨基酸残基为中心构建冰晶结合面。所以你就用schrodinger或者sybyl这类编辑软件，显示一下蛋白质的疏水表面；根据疏水表面找到对应的疏水氨基酸；再以其中几个最分散的氨基酸来分别作为中心；对于每一个中心，选中距离其一定距离范围内的其它氨基酸残基，把位于蛋白质表面的残基挑出来成为一组，就是一个结合位点了吧。

liliinjn · 发表于 2015-3-9 15:52:53

fanc232 发表于 2015-3-9 14:40
我没做过这方面的工作，看到这个帖子说说自己的想法，就当是我顶帖了。你可以找本有机化学或者生物化学方面 ...

谢谢您的回复！我以为会有专门的划分软件，呵呵。您理解的是以表面的疏水性氨基为中心，我之前理解的是以内部的疏水性氨基为中心。具体我再根据您的建议看看他的讨论部分是怎么做的。另外，我确实也想观察蛋白质的疏水表面，也不知道该用哪个软件，在您的回答中解决了，再次感谢您的回复！

fanc232 · 发表于 2015-3-9 17:58:54

liliinjn 发表于 2015-3-9 15:52
谢谢您的回复！我以为会有专门的划分软件，呵呵。您理解的是以表面的疏水性氨基为中心，我之前理解的是以 ...

不客气。蛋白质疏水表面，我估计Discovery Studio应该也有吧，毕竟显示亲水/疏水表面，应当蛋白质结构编辑和观察的软件的一个基本功能啊。

liliinjn · 发表于 2015-3-9 19:00:18

fanc232 发表于 2015-3-9 17:58
不客气。蛋白质疏水表面，我估计Discovery Studio应该也有吧，毕竟显示亲水/疏水表面，应当蛋白质结构编 ...

好的，那我找找看有没有这个选项。

一醉解清风 · 发表于 2015-3-16 09:46:54

pymol可以实现

liliinjn · 发表于 2015-3-17 11:19:40

一醉解清风发表于 2015-3-16 09:46
pymol可以实现

您是说表面疏水性吗？是setting→surface→solvent accessible吗？

一醉解清风 · 发表于 2015-4-17 00:04:45

pymol有插件能识别，并且能做出来图

1448978417ppkk · 发表于 2015-6-3 10:44:23

请问楼上具体是怎么做的呢？能告知向此步骤吗？能否加扣扣聊？1448978417

1448978417ppkk · 发表于 2015-6-3 10:45:08

具体步骤，不好意思……

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