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[其他] 二面角PCA

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发表于 2015-2-2 14:05:19 | 显示全部楼层 |阅读模式

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我想做二面角主成份分析,mk_angndx -s md.tpr -n dangle.ndx -type dihedral产生以下文件,可是phi中的三个数字是什么意思呢?再接下来的g_angle -f foo.xtc -s foo.tpr -n dangle.ndx -or dangle.trr -type dihedral中需要选择这些group中的一个,我该选哪个?

[ Phi=0.0_3_3.35 ]
   706   708   712   713   706   708   712   714   706   708   712   720
[ Phi=0.0_4_-1.26 ]
   708   712   720   721   708   712   720   722
[ Phi=0.0_1_1.26 ]
   708   712   720   722
[ Phi=0.0_2_2.51 ]
   713   712   720   721   713   712   720   722   714   712   720   721
   714   712   720   722
[ Phi=180.0_1_1.67 ]
   713   712   720   722   714   712   720   721
[ Phi=0.0_3_0.04 ]
   739   738   741   744   740   738   741   744
[ Phi=180.0_1_1.00 ]
   738   741   744   745
[ Phi=0.0_3_1.55 ]
   738   741   744   745
[ Phi=0.0_3_1.17 ]
   742   741   744   745   743   741   744   745   741   744   745   746
   741   744   745   747   741   744   745   748

发表于 2015-10-27 14:54:48 | 显示全部楼层

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楼主解决没有,同问
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