请问一下做modeller一定要下载数据库吗？

kangsgo

http://bioms.org/forum.php?mod=v ... &extra=page%3D1
我看到版主大大说下载pdb_95.bin 和pdb_pir两个文件，但是看了一下25G，好吓人，能否在线使用这些数据库？

lrf1980

没有那么大的啊。pdball.bin 和pdball.pir只有300多M，因为程序需要利用这个库来查找模板，当然，你可以自己通过在线数据库挑选模板，比方说blastp和swissmodel。
blastp website:

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastp&PAGE_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthome

swissmodel:

http://swissmodel.expasy.org/

通过这两个网站，提交你的目标蛋白的序列，然后根据输出结果选择你认为合适的模板，把他们的pdb文件下载下来就可以了。这样你就不需要这两个文件，可以直接从align 序列开始一步一步的利用modeller建模了。

kangsgo

lrf1980 发表于 2015-1-12 09:57
没有那么大的啊。pdball.bin 和pdball.pir只有300多M，因为程序需要利用这个库来查找模板，当然，你可以自 ...

好的，谢谢版主大大
主要是我看到http://salilab.org/modeller/supplemental.html
里面有个Sequence database和Profile database 我以为都要下

lrf1980

kangsgo 发表于 2015-1-12 10:07
好的，谢谢版主大大
主要是我看到http://salilab.org/modeller/supplemental.html
里面有个Sequence data ...

主要是下载它的sequence database，其实uniprot的sequence database也很大。所以为了每次方便使用下载下来会比较好。在这些细节上yasara就做的很好，你第一次使用homology modeling的时候，提交序列，软件自动帮你下载这几个数据库，然后完成之后就自动建模并给出详细的报告和评估数据。非常的人性化。呵呵

秋水若寒

我在NCBI和SWISSMODEL比对了序列，之后，在PDB数据库中把有晶体结构的几个PDB文件下载了。可以用DS建模。