Modeller 学习记录（一）

lrf1980

首先说明，因为不是科班出身，所以以下所有的只是记录自己在学习modeller过程中遇到的问题及自己试图解决的过程，可能还有一些不一定完全对的，写出来，供大家参考及自己提高。

学习modeller的原因：
1. 没有discovery studio，虽然也有盗版，不过discovery studio也是用的modeller模块。所以想深入了解过程，直接学modeller可能会更好一些。
2. 最近手上有个蛋白质，好几个研究组都建模来做虚拟筛选，本来想偷懒，不学，自己问人家要建模好的结构，人家说不给，因为他们还在继续做这方面的研究。要不到，自己就来学吧。
3. 自己本身对这个也有足够的兴趣，虽然跟自己专业跨度很大，一个搞高分子合成的，来学习蛋白质建模，嘿嘿，但一直认同，兴趣才是最好的老师。

为什么写学习原因，一点感触：工作这么多年，经常听到的一句话，或者自己也在开始问自己，你为什么要做这件事情？你的motivation是什么。虽然这话听起来好像不那么接地气，不过仔细想想，这个问题还是很重要，因为在最困难的时候，这有这个问题的答案才能告诉自己你是否需要去坚持。

modeller的安装：
论坛里的帖子写的很清楚，所以大家照这个帖子依葫芦画瓢就好。
http://www.bioms.org/forum.php?m ... ge=1&extra=#pid3260
其它的安装就参照salilab的说明。

唯一的一点，是我自己安装时候没有注意，后来发现需要补充的就是pdb的数据库文件。具体来讲就是pdb_95.bin 和pdb_pir两个文件。我们在salilab下载的modeller里面的两个文件好像不是最新的数据库文件，所以如果我们不更新这两个文件的话，我们做build_profile.py后，可能输出的相似性分析结果的蛋白质比较少，跟swissmodel活着其它blast的结果会不一样。
如何解决这个问题？到下面的这个链接下载最新的pdb文件，然后找到一个convert_db.py的脚本生成最新的pir和bin文件，我自己最后用的数据库是pdball。

http://salilab.org/modeller/supplemental.html

modeller的运行：

这个也很简单，因为我自己安装的是mac版本的，所以我的做法就是将mod9.14在／bin目录下建一个链接。每次直接用命令mod9.14 *.py来做各种处理。linux下也可以这么做。当然也可以直接用python *.py来运行各种处理。

lrf1980

我贴上来吧。

from modeller import *

log.verbose()
env = environ()

sdb = sequence_db(env)
sdb.convert(seq_database_file='pdball.pir', seq_database_format='PIR',
            chains_list='ALL', minmax_db_seq_len=(30, 4000),
            clean_sequences=True, outfile='pdb_95.bin')

copy到文本编辑器，再另存为*.py

lrf1980

laoman 发表于 2014-12-22 19:45
谢谢了，这里是不是也得把outfile一项改为pdball.bin? 如果我download的是pdball的压缩文件的话 ...

对的啊，主要是用这个脚本把pir文件变成bin文件。所以你下载的文件时什么名字，你就改成什么名字

lrf1980

prince好先森 发表于 2015-10-5 11:51
楼主 我的是windows的  安装完MODELER但是怎么在cygwin里运行我的MOD啊？

抱歉，我没有用过windows的，所以不是特别清楚。不过你可以去modeller的官网上去看看

不经意间的呐喊

先赞一个

川大-灰太狼

很不错：）支持原创！

laoman

谢谢楼主，但那个convert_db.py的脚本哪儿有呢？没找到呢

laoman

lrf1980 发表于 2014-12-22 18:28
我贴上来吧。

from modeller import *

谢谢了，这里是不是也得把outfile一项改为pdball.bin? 如果我download的是pdball的压缩文件的话

janevanca

多谢楼主，弱弱问一句怎么将mod9.14在／bin目录下建一个链接？

lrf1980

janevanca 发表于 2015-5-12 14:43
多谢楼主，弱弱问一句怎么将mod9.14在／bin目录下建一个链接？

使用ln 命令

tone鹅

lrf1980 发表于 2014-12-22 18:28
我贴上来吧。

from modeller import *

请问楼主，我用了你的脚本在linux下报错，您的脚本是windows的么？如果想在linux下使用需要如何改这个。谢谢你