用g_select制作蛋白活性口袋部分的index文件

light · 发表于 2015-1-4 15:31:49

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我想要做一个蛋白活性口袋的氨基酸残基的index文件，以用来分析活性口袋在MD过程中的RMSD值变化。我的命令是这样的（UNK是配体的名字）：

g_select -f md.xtc -s md.tpr -select ' “pocket” resname Protein and within 0.5 of group “UNK” ' -on pocket.ndx

或者

g_select -f md.xtc -s md.tpr -select ' “pocket” group Protein and within 0.5 of group “UNK” ' -on pocket.ndx

或者

g_select -f md.xtc -s md.tpr -select ' “pocket” group “Protein” and within 0.5 of group “UNK” ' -on pocket.ndx

结果都不行，求高手指点！

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