[AMBER] 用amber做能量分解时提示原子类型出错bad atom type: hn

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husong

发表于 2014-12-29 21:36:42 | 显示全部楼层 |阅读模式

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我的体系是蛋白质与小分子，用mmpbsa.py脚本计算结合自由能时没问题，但计算分解能时如下：

bad atom type: hn

CalcError: /usr/local/amber12/bin/sander failed with prmtop complex.top!

另外还想问下mmpbsa.pl是不是只能计算GB的分解能，算不了的PB的？

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