新手小白提问gromacs

断桥残雪

1，我是在ubuntu的软件中心，下载gromacs安装包，然后sudo apt-get install gromacs。最后提示是最新版本，有3个升级程序，应该是成功了吧？2，第一步安装教程下载pdb文件以后，运行的时候，这个pdb应该放在哪个目录里面？
3，我把pdb放在桌面上，运行了第一步，安装官网指令，到第二步选择力场的时候出现错误.如下


Using the Oplsaa force field in directory oplsaa.ff

Opening force field file /usr/share/gromacs/top/oplsaa.ff/aminoacids.r2b
Reading 1AKI_processed.gro...

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Program pdb2gmx, VERSION 4.5.5
Source code file: /build/buildd/gromacs-4.5.5/src/gmxlib/futil.c, line: 491

File input/output error:
1AKI_processed.gro
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
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"I Quit My Job Blowing Leaves" (Beck)
请教各位大声指点！感激！没有师兄，自己摸索，真的好痛苦！

不经意间的呐喊

1AKI_processed.gro   你 pdb2gmx的命令是什么。你下载的pdb名字是什么。要一致

Lei靐

和你一样自己摸索。。难过，你应该把pbd放进一个目录中然后在目录下打开终端执行命令，命令和文件名要保持一致。。