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[AMBER] 怎样购买Amber软件,有什么注意?

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发表于 2014-12-22 10:34:52 | 显示全部楼层 |阅读模式

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各位大大好,我老师想买个Amber软件做蛋白动力学,想了解一下要花多少钱,买了后是每年都要交使用费,还是终身的?2年前的普通服务器能装最新版的Amber麽?
然后还有购买流程,我想问一下。谢谢。
 楼主| 发表于 2014-12-22 11:10:07 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2014-12-22 10:50
1、BioMS旗下的成都分迪科技有限公司www.moldesigner.com 可以为各位老师代购AMBER,提供发票用于报销。
2 ...

好的,那我问一下我们老师,谢谢灰太狼大大,用的服务器是CPU。。。。没有GPU加速,主要看文献,感觉Amber的能量计算和模拟精度很不错,不做小分子药物,做两种蛋白质相互作用,蛋白与ADP,ATP等小分子相互作用,蛋白质与底物相互研究。
发表于 2014-12-22 10:50:17 | 显示全部楼层
1、BioMS旗下的成都分迪科技有限公司www.moldesigner.com 可以为各位老师代购AMBER,提供发票用于报销。
2、现在Amber最新版本是amber14,是终身版,但如果你要升级到amber15(以后的版本)则需要再次购买。
3、现在如果你是用cpu来跑动力学,都不用购买amber14,它的sander部分已经在amberTools里面了,直接免费下载安装后就可以使用。Amber14的最大变化是GPU加速,因此建议使用GPU加速的工作站。

另,你用amber是做小分子药物的分子动力学研究吗?
发表于 2014-12-22 11:33:13 | 显示全部楼层
kkshaxqd 发表于 2014-12-22 11:10
好的,那我问一下我们老师,谢谢灰太狼大大,用的服务器是CPU。。。。没有GPU加速,主要看文献,感觉Ambe ...

不客气哈,因为从CPU和GPU的计算速度来看,GPU的计算速度是cpu的20倍以上。就是说要跑20ns时间长的蛋白分子动力学用CPU计算的话需要20天,现在用GPU来跑只需要1天。

如果你只是跑你说的生物体系的分子动力学,并且使用cpu,那么你可以看看YASARA这款软件,非常方便的界面化交互的综合性软件平台:实现 同源模建-分子对接-分子动力学等。亮点在于CPU运行速度快,界面化操作,自动识别蛋白和配体的力场(支持金属离子蛋白的力场,不用手动去改力场,如Zn2+,Cu2+等)
YASARA中文介绍:
http://www.moldesigner.com/?cat=31


发表于 2015-4-30 16:02:11 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2014-12-22 10:50
1、BioMS旗下的成都分迪科技有限公司www.moldesigner.com 可以为各位老师代购AMBER,提供发票用于报销。
2 ...

大约要多少钱呢 换成GPU加速的
发表于 2015-5-5 16:09:53 | 显示全部楼层
lianjin1989 发表于 2015-4-30 16:02
大约要多少钱呢 换成GPU加速的

你好,具体费用,请联系分迪科技的高性能计算机部,www.moldesigner.com  上面有联系方式。
发表于 2015-7-6 19:49:55 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2015-5-5 16:09
你好,具体费用,请联系分迪科技的高性能计算机部,www.moldesigner.com  上面有联系方式。 ...

您好,求GPU加速的Amber跑蛋白和药物复合物的教程,邮箱是yhlyll@126.com,非常感谢!
发表于 2016-10-11 08:55:54 | 显示全部楼层
楼主请问你有amber的教程可以分享吗,谢谢哈517843193@qq.com
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