怎样购买Amber软件，有什么注意？

kkshaxqd · 发表于 2014-12-22 10:34:52

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各位大大好，我老师想买个Amber软件做蛋白动力学，想了解一下要花多少钱，买了后是每年都要交使用费，还是终身的？2年前的普通服务器能装最新版的Amber麽？
然后还有购买流程，我想问一下。谢谢。

kkshaxqd · 发表于 2014-12-22 11:10:07

川大-灰太狼发表于 2014-12-22 10:50
1、BioMS旗下的成都分迪科技有限公司www.moldesigner.com 可以为各位老师代购AMBER，提供发票用于报销。
2 ...

好的，那我问一下我们老师，谢谢灰太狼大大，用的服务器是CPU。。。。没有GPU加速，主要看文献，感觉Amber的能量计算和模拟精度很不错，不做小分子药物，做两种蛋白质相互作用，蛋白与ADP，ATP等小分子相互作用，蛋白质与底物相互研究。

川大-灰太狼 · 发表于 2014-12-22 10:50:17

1、BioMS旗下的成都分迪科技有限公司www.moldesigner.com 可以为各位老师代购AMBER，提供发票用于报销。
2、现在Amber最新版本是amber14，是终身版，但如果你要升级到amber15（以后的版本）则需要再次购买。
3、现在如果你是用cpu来跑动力学，都不用购买amber14，它的sander部分已经在amberTools里面了，直接免费下载安装后就可以使用。Amber14的最大变化是GPU加速，因此建议使用GPU加速的工作站。

另，你用amber是做小分子药物的分子动力学研究吗？

川大-灰太狼 · 发表于 2014-12-22 11:33:13

kkshaxqd 发表于 2014-12-22 11:10
好的，那我问一下我们老师，谢谢灰太狼大大，用的服务器是CPU。。。。没有GPU加速，主要看文献，感觉Ambe ...

不客气哈，因为从CPU和GPU的计算速度来看，GPU的计算速度是cpu的20倍以上。就是说要跑20ns时间长的蛋白分子动力学用CPU计算的话需要20天，现在用GPU来跑只需要1天。

如果你只是跑你说的生物体系的分子动力学，并且使用cpu，那么你可以看看YASARA这款软件，非常方便的界面化交互的综合性软件平台：实现同源模建-分子对接-分子动力学等。亮点在于CPU运行速度快，界面化操作，自动识别蛋白和配体的力场（支持金属离子蛋白的力场，不用手动去改力场，如Zn2+，Cu2+等）！
YASARA中文介绍：
http://www.moldesigner.com/?cat=31

lianjin1989 · 发表于 2015-4-30 16:02:11

川大-灰太狼发表于 2014-12-22 10:50
1、BioMS旗下的成都分迪科技有限公司www.moldesigner.com 可以为各位老师代购AMBER，提供发票用于报销。
2 ...

大约要多少钱呢换成GPU加速的

川大-灰太狼 · 发表于 2015-5-5 16:09:53

lianjin1989 发表于 2015-4-30 16:02
大约要多少钱呢换成GPU加速的

你好，具体费用，请联系分迪科技的高性能计算机部，www.moldesigner.com 上面有联系方式。

0444909yuan · 发表于 2015-7-6 19:49:55

川大-灰太狼发表于 2015-5-5 16:09
你好，具体费用，请联系分迪科技的高性能计算机部，www.moldesigner.com 上面有联系方式。 ...

您好，求GPU加速的Amber跑蛋白和药物复合物的教程，邮箱是yhlyll@126.com，非常感谢！

史至名归 · 发表于 2016-10-11 08:55:54

楼主请问你有amber的教程可以分享吗，谢谢哈517843193@qq.com

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