分子对接结合能和MMPBSA计算相对自由能值差异？

不经意间的呐喊 · 发表于 2014-12-1 20:40:54

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看了不少文献，发现用autodock或者其他对接软件预测的结合能，一般在-10kcal/mol左右.而MMPBSA计算的相对结合自由能往往更低,-20,-30,-40Kcal/mol。那么问题来了，这其中的区别在哪里呢？谢谢

不经意间的呐喊 · 发表于 2014-12-1 20:49:31

DOCK6分子对接软件一般能量值也比较低，在-50Kcal/mol都很正常，这和计算函数有关系。谁能更细致的讲解一下呢？

川大-灰太狼 · 发表于 2014-12-2 09:49:56

这个和打分函数的算法有关！具体的需要参考 Autodock的打分函数和dock的打分函数以及mmpbsa的计算公式。

aptor123 · 发表于 2015-3-6 16:19:59

还有要看你的化合物把

lrf1980 · 发表于 2015-3-9 16:17:31

对接一般不考察溶剂体系吧，最近做Amber的MMPBSA时观察到，较大一部分都是溶剂的贡献。

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