CentOS6.5下并行Charmm的安装

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测试系统：CentOS 6.5
需要的并行编译器：MPICH2

首先到MPICH2的网站去下载MPICH2并安装
www.mpich.org/downloads/

我下载的是mpich-3.1.3 这个包，然后解压缩安装。安装成功后就可以开始装charmm了。

下载到charmm后，解压缩到指定目录，然后进入charmm缩在目录，在终端中输入：./install.com gnu xxlarge M MPICH

gnu, 表示linux系统，xxlarge表示你需要charmm能给你处理的蛋白质大小，有好几种选择，可以看看说明，或者在终端运行./install.com查看相关的参数说明。 M MPICH, M表示并行，MPICH表示的是并行编译器。

这个时候安装程序就问并行程序相应的库所在的目录：
第一个：/usr/local/include, 第二个：/usr/local/lib

然后开始编译，如果成功了，应该在exec这个目录里可以看到gnu_M目录，在该目录里有编译生成的charmm程序。

一般的charmm运行命令: charmm <*.inp> *.out
并行charmm运行命令： mpirun -np xx charmm <*.inp> *.out
xx 表示的是使用的cpu核数，好像推荐用2的倍数

这样并行的charmm基本安装完成。可以运行了，为了确保所有功能都能实现，可以去运行一下test目录里对应版本的inp文件进行测试。

有问题站内联系。希望大家能成功用charmm来实现自己的动力学模拟

xpyp

多谢！能补充下mpich的安装就更好了！