Yosemite 安装charmm记录

lrf1980

将蛋白质用modeller把模型建好后，对模型用分子动力学软件做能量最小化有的时候可以进一步的提高模型的质量。所以使用charmm来处理一下是一个不错的选择。charmm软件来源相对比较少，网上不太好找，sourceforge能下载到，需要的可以去上面下载，记得下载b标示的版本。a为开发版，相对不那么稳定，bug稍多。下载到charmm后，解压缩，把目录放在自己想放的位置。基本上就可以准备安装了。安装charmm，在yosemite系统里还需要两样东西，一个是gfortran，另外一个时xcode。xcode可以到app store下载，或者直接在命令行里运行:
./install.com osx xxlarge
运行会提示错误，告诉你需要下载xcode，并且自动打开下载。下载成功后，我们还需要gfortran。gfortran可以到下面的网站上下载
http://gcc.gnu.org/wiki/GFortranBinaries#MacOS
我自己下载的gfortran 4.9.0，然后把gfortran安装好。现在就可以装charmm了。
在终端里切换到charmm所在的目录，运行：
./install.com osx xxlarge gfortran
charmm就开始编译。等10分钟左右，charmm就成功安装。这个时候你就应该可以在exec的目录里面发现一个osx的目录，到该目录里，就有一个charmm的执行文件。运行一下该文件，你就可以看到charmm的运行界面了。
如果运行执行文件，有报错提示说hostname错误，请修改／etc/hosts文件，添加下面一行：

127.0.0.1 localhost hostname

有其它的安装问题，站内联系，或者参考下面论坛上的一些提问

http://www.charmm.org/ubbthreads/
学习charmm比较好的网站可以参考下面链接，基本上从简单脚本开始，而且上面的脚本基本能实现模拟出来的蛋白质做能量优化
http://www.ch.embnet.org/MD_tutorial/

过几天再写个linux centos6.5下的并行charmm安装。

lrf1980

ps. hostname 是指你自己机器的名称

川大-灰太狼

呵呵 谢谢原创的资料：）方便新手入门！

biochem

charmm不是收费程序吗