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[Gromacs] Gromacs模拟中位置限制性模拟的问题!!

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发表于 2014-11-25 10:24:05 | 显示全部楼层 |阅读模式

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有个问题想向大家请教一下,关于Gromacs的位置限制性模拟,我在网上看到有2种protocl.
Protocl A 是在能量最小化后,先进行位置限制性模拟(位置限制性模拟需要将温度和压强耦合都打开吗??),再进行非限制性的NVT,接着进行非限制性的NPT,最后进行production MD.


Protocl B是在能量最小化后,进行限制性的NVT100皮秒,再进行限制性的NPT 100皮秒,最后进行productionMD.


这2种Protocl,有没有实质性的区别呢?还是说其实是一样的效果?
分别用这2种Protocl会会使最后的production MD产生不同的结果吗?谢谢!

发表于 2014-11-25 20:41:07 | 显示全部楼层
首先,这是常规模拟,还谈不上限制性模拟。 这两种方法的实质是一样的,就是在进行production MD前,使得体系达到平衡。只是过程中稍有区别。只要能使体系达到平衡,这两种方法都行。个人认为第一中方法比较严格,而第二中方法是目前大多数文献普遍采用的方法。
 楼主| 发表于 2014-11-26 09:38:40 | 显示全部楼层
那你说的限制性模拟,指的是什么呢?
谢谢
 楼主| 发表于 2014-11-26 09:39:18 | 显示全部楼层
天理-小新 发表于 2014-11-25 20:41
首先,这是常规模拟,还谈不上限制性模拟。 这两种方法的实质是一样的,就是在进行production MD前,使得体 ...

那你说的限制性模拟,指的是什么呢?
谢谢
发表于 2014-11-28 10:33:12 | 显示全部楼层
zhangmao511 发表于 2014-11-26 09:39
那你说的限制性模拟,指的是什么呢?
谢谢

主要是在整个模拟,过程包括productionMD也进行限制。在一些特殊情况下,比如限制距离,二面角,异构等。至于什么情况下限制距离,二面角,异构等,这个就不必往下问了。可事先查阅文献,调研之后再论。
 楼主| 发表于 2014-11-28 15:21:30 | 显示全部楼层
天理-小新 发表于 2014-11-28 10:33
主要是在整个模拟,过程包括productionMD也进行限制。在一些特殊情况下,比如限制距离,二面角,异构等。 ...

好吧,确切的说,应该叫位置限制性平衡。。
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