Amber能突变预测吗？！求高手

莫愁脸大 · 发表于 2014-11-24 20:43:25

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导师让照着一篇文献重复结果。
那篇文献是研究一个二聚体krt5/14突变后对一种疾病EBS的影响。二聚体是从PDB下下来的格式，但是比如某个位点突变后的突变体的格式怎么得到呢？最后是要分析各个突变体和wild type的。
文献里面没有提到，我以为用Amber可以，可是我搜了Reference，并没有发现相关的program。网上也没有突变预测的相关资料。
真心求助大神~小女子谢过先~

莫愁脸大 · 发表于 2014-11-24 20:44:32

最好还是能用AMber做啊，虽然师兄说coot也可以。。不过看文献感觉好像都是在AMEBR上做的呢。

川大-灰太狼 · 发表于 2014-11-27 16:10:02

突变可以用pymol。

fenzimoni · 发表于 2014-11-30 15:13:33

DS, SYBYL都可以突变残基

yuyanqing · 发表于 2014-12-1 15:18:39

使用pymol突变后，对突变后的进行动力学优化，就可以对比了，你也可以试试丙氨酸突变扫描，这个也可以

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